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- PDB-2lxs: Allosteric communication in the KIX domain proceeds through dynam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lxs
タイトルAllosteric communication in the KIX domain proceeds through dynamic re-packing of the hydrophobic core
要素
  • CREB-binding protein
  • Histone-lysine N-methyltransferase MLL
キーワードTRANSFERASE / CREB binding protein / mixed-lineage leukemia activation domain / binary complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-cysteine methyltransferase activity / response to potassium ion / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / unmethylated CpG binding / histone H3K4 trimethyltransferase activity / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / peptide N-acetyltransferase activity ...protein-cysteine methyltransferase activity / response to potassium ion / [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / unmethylated CpG binding / histone H3K4 trimethyltransferase activity / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / peptide N-acetyltransferase activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / regulation of smoothened signaling pathway / histone H3K18 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / T-helper 2 cell differentiation / histone H3K27 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / definitive hemopoiesis / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / MRF binding / histone H3K4 methyltransferase activity / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / RUNX3 regulates NOTCH signaling / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Nuclear events mediated by NFE2L2 / embryonic hemopoiesis / Regulation of NFE2L2 gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / exploration behavior / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / anterior/posterior pattern specification / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / histone methyltransferase complex / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / embryonic digit morphogenesis / homeostatic process / protein acetylation / Notch-HLH transcription pathway / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Formation of paraxial mesoderm / non-canonical NF-kappaB signal transduction / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / Zygotic genome activation (ZGA) / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / membrane depolarization / cellular response to nutrient levels / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / acetyltransferase activity / MLL1 complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / histone acetyltransferase complex / Attenuation phase / regulation of cellular response to heat / negative regulation of fibroblast proliferation / histone acetyltransferase activity / homeostasis of number of cells within a tissue / histone acetyltransferase / spleen development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / RORA activates gene expression / NPAS4 regulates expression of target genes / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / CD209 (DC-SIGN) signaling / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / post-embryonic development / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / protein destabilization / lysine-acetylated histone binding / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / visual learning / protein modification process / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Evasion by RSV of host interferon responses / Cytoprotection by HMOX1 / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / chromatin DNA binding / PKMTs methylate histone lysines / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / transcription coactivator binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation
類似検索 - 分子機能
Coactivator CBP, KIX domain / KMT2A, ePHD domain / KMT2A, PHD domain 1 / KMT2A, PHD domain 2 / KMT2A, PHD domain 3 / Methyltransferase, trithorax / : / FY-rich, N-terminal / F/Y-rich N-terminus / PHD-like zinc-binding domain ...Coactivator CBP, KIX domain / KMT2A, ePHD domain / KMT2A, PHD domain 1 / KMT2A, PHD domain 2 / KMT2A, PHD domain 3 / Methyltransferase, trithorax / : / FY-rich, N-terminal / F/Y-rich N-terminus / PHD-like zinc-binding domain / FYR domain FYRN motif profile. / "FY-rich" domain, N-terminal region / FY-rich, C-terminal / F/Y rich C-terminus / FYR domain FYRC motif profile. / "FY-rich" domain, C-terminal region / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / SET domain profile. / SET domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-lysine N-methyltransferase 2A / CREB-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Bruschweiler, S. / Schanda, P. / Konrat, R. / Tollinger, M.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Allosteric communication in the KIX domain proceeds through dynamic repacking of the hydrophobic core.
著者: Bruschweiler, S. / Konrat, R. / Tollinger, M.
履歴
登録2012年8月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CREB-binding protein
B: Histone-lysine N-methyltransferase MLL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4152
ポリマ－12,4152
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 CREB-binding protein


分子量: 10353.856 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 587-673 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CREBBP, CBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92793, histone acetyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Histone-lysine N-methyltransferase MLL / ALL-1 / CXXC-type zinc finger protein 7 / Lysine N-methyltransferase 2A / KMT2A / Trithorax-like ...ALL-1 / CXXC-type zinc finger protein 7 / Lysine N-methyltransferase 2A / KMT2A / Trithorax-like protein / Zinc finger protein HRX / MLL cleavage product N320 / N-terminal cleavage product of 320 kDa / p320 / MLL cleavage product C180 / C-terminal cleavage product of 180 kDa / p180


分子量: 2061.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 2840-2858 / Mutation: C841A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLL, ALL1, CXXC7, HRX, HTRX, KMT2A, MLL1, TRX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03164, histone-lysine N-methyltransferase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-13C NOESY
1213D 1H-15N NOESY
1313D 1H-15N TOCSY
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CA)CB
1713D HN(CO)CA
1813D CBCA(CO)NH
1912D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-1, 2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_2-2, 25 mM sodium chloride-3, 50 mM potassium phosphate-4, 1 mM sodium azide-5, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity_1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
2 mMentity_2-2[U-100% 13C; U-100% 15N]1
25 mMsodium chloride-31
50 mMpotassium phosphate-41
1 mMsodium azide-51
試料状態pH: 5.8 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3.1Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1016 / NOE intraresidue total count: 525 / NOE long range total count: 90 / NOE medium range total count: 127 / NOE sequential total count: 274
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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