PDB-2lxr: Solution structure of HP1264 from Helicobacter pylori

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lxr

タイトル

Solution structure of HP1264 from Helicobacter pylori

要素

NADH dehydrogenase I subunit E

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HP1264

機能・相同性

Putative NADH-ubiquinone oxidoreductase chain E / putative NADH-ubiquinone oxidoreductase chain E / TusA-like domain / TusA-like domain superfamily / Translation Initiation Factor IF3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain E

機能・相同性情報

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Lee, K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of HP1264, Complex I subunit E from Helicobacter pylori, reveals a novel fold for FMN binding protein
著者: Lee, K.

履歴

登録	2012年8月31日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lxr.cif.gz	567.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lxr.ent.gz	481.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lxr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2lxr_validation.pdf.gz	465.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2lxr_full_validation.pdf.gz	801.2 KB	表示
XML形式データ	2lxr_validation.xml.gz	80.4 KB	表示
CIF形式データ	2lxr_validation.cif.gz	66.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/2lxr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/2lxr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2b0g-d 6sqv-2 2plt-d 2bje-4 5zds-d 1y3k-d 2hlt-d 5zne-d 6lau-3 1cm3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18692

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NADH dehydrogenase I subunit E

8.94 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	NADH dehydrogenase I subunit E 分子量: 8939.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: HP_1264 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25854

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D CBCA(CO)NH
1	3	1	3D C(CO)NH
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D HNCA
1	6	1	3D HN(CA)CB
1	7	1	3D HBHA(CO)NH
1	8	1	3D HN(CO)CA
1	9	1	3D H(CCO)NH
1	10	1	3D 1H-15N NOESY
1	11	1	3D 1H-13C NOESY
1	12	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	13	1	3D HN(CA)CO

-
試料調製

詳細	内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] sodium phosphate-1, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1 mM / 構成要素: sodium phosphate-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態	イオン強度: 0.15 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA		精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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