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万見
- PDB-2lvl: NMR Structure the lantibiotic immunity protein SpaI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lvl
タイトルNMR Structure the lantibiotic immunity protein SpaI
要素SpaI
キーワードLANTIBIOTIC-BINDING-PROTEIN / lantibiotic self-immunity protein / subtilin / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A - #60 / Lantibiotic immunity protein Spa1, C-terminal / Lantibiotic immunity protein Spa1 C-terminal domain / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Beta Complex / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Mainly Beta / SpaI
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsminimized average structure, model 1
Model type detailsminimized average
データ登録者Christ, N. / Bochmann, S. / Gottstein, D. / Duchardt-Ferner, E. / Hellmich, U.A. / Duesterhus, S. / Koetter, P. / Guentert, P. / Entian, K. / Woehnert, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The First Structure of a Lantibiotic Immunity Protein, SpaI from Bacillus subtilis, Reveals a Novel Fold.
著者: Christ, N.A. / Bochmann, S. / Gottstein, D. / Duchardt-Ferner, E. / Hellmich, U.A. / Dusterhus, S. / Kotter, P. / Guntert, P. / Entian, K.D. / Wohnert, J.
履歴
登録2012年7月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SpaI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9691
ポリマ－14,9691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 SpaI


分子量: 14969.419 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 40-165 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: spai / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45403

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1242D 1H-13C HSQC aliphatic
1332D 1H-13C HSQC aromatic
1433D CBCA(CO)NH
1523D HNCO
1623D HNCA
1723D HN(CA)CB
1833D HBHA(CO)NH
1933D H(CCO)NH
11033D C(CO)NH
11143D (H)CCH-TOCSY
11243D (H)CCH-COSY
11313D HNHA
11413D 1H-15N NOESY
11533D 1H-13C NOESY aliphatic
11643D 1H-13C NOESY aliphatic
11733D 1H-13C NOESY aromatic
11823D HN(CA)CO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
150 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 10 uM DSS, 300-400 uM [U-15N] SpaI, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
250 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 10 uM DSS, 420 uM [U-13C; U-15N; U-2H] SpaI, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
350 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 10 uM DSS, 300-400 uM [U-13C; U-15N] SpaI, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
450 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 10 uM DSS, 300 uM [U-13C; U-15N] SpaI, 90% D2O/10% H2O90% D2O/10% H2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
50 mMsodium phosphate-11
100 mMsodium chloride-21
10 uMDSS-31
uMSpaI-4[U-15N]300-4001
50 mMsodium phosphate-52
100 mMsodium chloride-62
10 uMDSS-72
420 uMSpaI-8[U-13C; U-15N; U-2H]2
50 mMsodium phosphate-93
100 mMsodium chloride-103
10 uMDSS-113
uMSpaI-12[U-13C; U-15N]300-4003
50 mMsodium phosphate-134
100 mMsodium chloride-144
10 uMDSS-154
300 uMSpaI-16[U-13C; U-15N]4
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 296 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9504
Bruker AvanceBrukerAVANCE9005

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CCPN_AnalysisCCPNchemical shift assignment
CCPN_AnalysisCCPNデータ解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
TopSpinBruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospinデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection
OPALpLuginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: WATER REFINEMENT
NMR constraintsNOE constraints total: 3246 / NOE intraresidue total count: 781 / NOE long range total count: 1301 / NOE medium range total count: 423 / NOE sequential total count: 741 / Hydrogen bond constraints total count: 36 / Protein phi angle constraints total count: 72 / Protein psi angle constraints total count: 72
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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