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万見
- PDB-2lv0: Solution Structure of Helix-35 Stem-loop from E. coli 23S rRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lv0
タイトルSolution Structure of Helix-35 Stem-loop from E. coli 23S rRNA
要素RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*UP*AP*AP*UP*GP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*AP*GP*CP*CP*C)-3')
キーワードRNA / ribosome / 23S rRNA / methylation / erythromycin resistance
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Nikonowicz, E.P. / Wang, J. / Moran, S. / Donarski, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of Helix-35 Stem-loop from E. coli 23S rRNA
著者: Moran, S. / Donarski, J. / Wang, J. / Nikonowicz, E.P.
履歴
登録2012年6月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*UP*AP*AP*UP*GP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*AP*GP*CP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7181
ポリマ－7,7181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*UP*AP*AP*UP*GP*UP*UP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*AP*GP*CP*CP*C)-3')


分子量: 7717.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA was prepared by in vitro transcription

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2142D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D (H)CCH-TOCSY
1413D 1H-13C NOESY
1522D 1H-1H NOESY
1622D DQF-COSY
2732D 1H-1H NOESY
1813D (H)CCH-COSY
1922D 1H-31P HETCOR
11012D 1H-15N HMQC
11112D 1H-13C ctHSQC-31P
11212D 1H-15N HCN
21343D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RNA, 10 mM potassium phosphate, 10 mM sodium chloride, 0.1 mM EDTA, 100% D2O100% D2O
21.6 mM RNA, 10 mM potassium phosphate, 10 mM sodium chloride, 0.1 mM EDTA, 100% D2O100% D2O
31.6 mM RNA, 10 mM potassium phosphate, 10 mM sodium chloride, 0.1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RNA, 10 mM potassium phosphate, 10 mM sodium chloride, 0.1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMRNA-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 mMpotassium phosphate-21
10 mMsodium chloride-31
0.1 mMEDTA-41
1.6 mMRNA-52
10 mMpotassium phosphate-62
10 mMsodium chloride-72
0.1 mMEDTA-82
1.6 mMRNA-93
10 mMpotassium phosphate-103
10 mMsodium chloride-113
0.1 mMEDTA-123
1.2 mMRNA-13[U-99% 13C; U-99% 15N]4
10 mMpotassium phosphate-144
10 mMsodium chloride-154
0.1 mMEDTA-164
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1206.8ambient 298 K
2206.8ambient 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
FelixAccelrys Software Inc.解析
FelixAccelrys Software Inc.精密化
VNMRVariancollection
VNMRVarian精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNA sugar pucker constraints total count: 22 / NOE constraints total: 345
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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