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- PDB-2luo: NMR solution structure of apo-MptpA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2luo
タイトルNMR solution structure of apo-MptpA
要素LOW MOLECULAR WEIGHT PROTEIN-TYROSINE-PHOSPHATASE A
キーワードHYDROLASE / Low Molecular Weight Tyrosine Phosphatase / MptpA
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host cell endomembrane system / symbiont-mediated perturbation of host phagocytosis / : / Blockage of phagosome acidification / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / Suppression of apoptosis / host cell cytoplasmic vesicle / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase ...symbiont-mediated perturbation of host cell endomembrane system / symbiont-mediated perturbation of host phagocytosis / : / Blockage of phagosome acidification / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / Suppression of apoptosis / host cell cytoplasmic vesicle / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / Modulation by Mtb of host immune system / host cell nucleus / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight / Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Low molecular weight protein-tyrosine phosphatase A / Low molecular weight protein-tyrosine phosphatase A
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE DYNAMICS, MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Stehle, T. / Sreeramulu, S. / Loehr, F. / Richter, C. / Saxena, K. / Jonker, H.R.A. / Schwalbe, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The Apo-structure of the Low Molecular Weight Protein-tyrosine Phosphatase A (MptpA) from Mycobacterium tuberculosis Allows for Better Target-specific Drug Development.
著者: Stehle, T. / Sreeramulu, S. / Lohr, F. / Richter, C. / Saxena, K. / Jonker, H.R. / Schwalbe, H.
履歴
登録2012年6月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22012年10月24日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LOW MOLECULAR WEIGHT PROTEIN-TYROSINE-PHOSPHATASE A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9761
ポリマ－17,9761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 LOW MOLECULAR WEIGHT PROTEIN-TYROSINE-PHOSPHATASE A / PTPase


分子量: 17976.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
解説: original pET16bTev vector was double NcoI/BlpId digested and cloned into the modified pKM263 (6xHis tag ProtGB1-TEV between Nde1 and Xho1) vector
遺伝子: ptpA, Rv2234, MT2293, MTCY427.15 / プラスミド: pKM263 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pLysS
参照: UniProt: P65716, UniProt: P9WIA1*PLUS, protein-tyrosine-phosphatase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: SORTED ON LOWEST ENERGY AFTER ARIA WATER REFINEMENT
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HN(CA)CB
1413D (H)CCH-TOCSY
1513D (H)C(NC)H
1613D HCD(CG)CB-TOCSY
1713D (H)CC(CO)NH-TOCSY
1813D (H)CB(CG)CCH-TOCSY
1913D 1H-13C NOESY aliphatic
11013D 1H-13C NOESY aromatic
11123D 1H-15N NOESY
11222D (T1,T2,HetNOE) 1H-15N HSQC
11322D (IPAP) 1H-15N HSQC
11422D (IPAP) 1H-15N HSQC
11523D HNHA
NMR実験の詳細Text: SORTED ON LOWEST ENERGY AFTER ARIA WATER REFINEMENT

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] mptpa, 50 mM arginine / glutamine, 25 mM HEPES, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0 mM [U-100% 15N] mptpa, 50 mM arginine / glutamine, 25 mM HEPES, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMmptpa-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 mMarginine / glutamine-21
25 mMHEPES-31
10 mMDTT-41
1.0 mMmptpa-5[U-100% 15N]2
50 mMarginine / glutamine-62
25 mMHEPES-72
10 mMDTT-82
試料状態イオン強度: 0 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9501
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003
Bruker AvanceBrukerAVANCE6004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
Sparky3.114Goddardデータ解析
Sparky3.114Goddardpeak picking
CARA1.8.4.2Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.4.2Keller and Wuthrichデータ解析
CARA1.8.4.2Keller and Wuthrichpeak picking
CYANA3.9Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
CYANA3.9Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE DYNAMICS, MOLECULAR DYNAMICS
ソフトェア番号: 1
詳細: SIMULATED ANNEALING WITH TORSION ANGLE DYNAMICS, STRUCTURE DETERMINATION WITH AUTOMATED NOE ASSIGNMENT USING CYANA, FINAL STRUCTURE REFINEMENT IN EXPLICIT WATER WITH ADDITIONAL DIFFUSION ...詳細: SIMULATED ANNEALING WITH TORSION ANGLE DYNAMICS, STRUCTURE DETERMINATION WITH AUTOMATED NOE ASSIGNMENT USING CYANA, FINAL STRUCTURE REFINEMENT IN EXPLICIT WATER WITH ADDITIONAL DIFFUSION ANISOTROPY DATA USING ARIA PROTOCOLS WITH CNS.
NMR constraintsNOE constraints total: 4821 / NOE intraresidue total count: 815 / NOE long range total count: 1611 / NOE medium range total count: 1103 / NOE sequential total count: 1292 / Hydrogen bond constraints total count: 138
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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