PDB-2lu6: NMR solution structure of Midi peptide designed based on m-conotoxins

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lu6

タイトル

NMR solution structure of Midi peptide designed based on m-conotoxins

要素

Midi peptide designed based on m-conotoxins

キーワード

DE NOVO PROTEIN / TOXIN / m-conotoxin / KIIIA / BuIIIC

機能・相同性

Conotoxin / Conotoxin / ion channel inhibitor activity / sodium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Mu-conotoxin BuIIIC

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Dyubankova, N. / Lescrinier, E. / Stevens, M. / Tytgat, J. / Herdewijn, P. / Peigneur, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Design of bioactive peptides from naturally occurring mu-conotoxin structures.
著者: Stevens, M. / Peigneur, S. / Dyubankova, N. / Lescrinier, E. / Herdewijn, P. / Tytgat, J.

履歴

登録	2012年6月8日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lu6.cif.gz	72.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lu6.ent.gz	52.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lu6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2lu6_validation.pdf.gz	525.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2lu6_full_validation.pdf.gz	704.5 KB	表示
XML形式データ	2lu6_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	2lu6_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/2lu6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/2lu6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2n0x-d 2ls1-d 2znf-d 6m6j-d 2efz-d 7d0x-d 2fr9-d 1xy8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18510

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

1: Midi peptide designed based on m-conotoxins

1.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	19 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Midi peptide designed based on m-conotoxins 分子量: 1700.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: C1J5M7*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D DQF-COSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	2D 1H-1H TOCSY
1	4	1	2D 1H-13C HSQC
1	5	1	2D 1H-13C HSQC-TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 2 mM mM protein, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 2.0 mM / 構成要素: entity-1
試料状態	圧: ambient / 温度: 278 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR NIH	3.851	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	構造決定
X-PLOR NIH		Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 179 / NOE intraresidue total count: 128 / NOE long range total count: 7 / NOE medium range total count: 10 / NOE sequential total count: 34

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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