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- PDB-2lsq: Analog of the fragment 197-221 of beta-1 adrenoreceptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lsq
タイトルAnalog of the fragment 197-221 of beta-1 adrenoreceptor
要素ANALOG OF THE FRAGMENT 197-221 OF BETA-1 ADRENORECEPTOR
キーワードIMMUNE SYSTEM / beta1-adrenoreceptor / modified extracellular loop 197-221 / autoantibodies / cardiomyopathy / arrhythmia
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl-nucleotide exchange factor activity => GO:0005085 / positive regulation of the force of heart contraction by epinephrine-norepinephrine / beta-adrenergic receptor activity / beta1-adrenergic receptor activity / epinephrine binding / positive regulation of heart rate by epinephrine-norepinephrine / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / alpha-2A adrenergic receptor binding / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / fear response ...guanyl-nucleotide exchange factor activity => GO:0005085 / positive regulation of the force of heart contraction by epinephrine-norepinephrine / beta-adrenergic receptor activity / beta1-adrenergic receptor activity / epinephrine binding / positive regulation of heart rate by epinephrine-norepinephrine / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / alpha-2A adrenergic receptor binding / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / fear response / norepinephrine binding / Adrenoceptors / heat generation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of multicellular organism growth / diet induced thermogenesis / plasma membrane => GO:0005886 / brown fat cell differentiation / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / response to cold / positive regulation of GTPase activity / PDZ domain binding / G protein-coupled receptor activity / Schaffer collateral - CA1 synapse / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / positive regulation of cold-induced thermogenesis / G alpha (s) signalling events / early endosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta 1 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-1 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Bushuev, V.N. / Zykov, K.A. / Bespalova, Z.D. / Bibilashvili, R.S. / Efremov, E.E. / Golitsyn, S.P. / Kaznacheeva, L.I. / Kuzhetsova, T.V. / Levashov, P.S. / Masenko, V.P. ...Bushuev, V.N. / Zykov, K.A. / Bespalova, Z.D. / Bibilashvili, R.S. / Efremov, E.E. / Golitsyn, S.P. / Kaznacheeva, L.I. / Kuzhetsova, T.V. / Levashov, P.S. / Masenko, V.P. / Mironova, N.A. / Molokoedov, F.S. / Rutkevich, P.N. / Rvacheva, A.V. / Sharf, T.V. / Sidorova, M.V. / Vlasik, T.N. / Yanushevskaya, E.V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Analog of the fragment 197-221 of 1-adrenoreceptor
著者: Bushuev, V.N.
履歴
登録2012年5月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANALOG OF THE FRAGMENT 197-221 OF BETA-1 ADRENORECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,9411
ポリマ－2,9411
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ANALOG OF THE FRAGMENT 197-221 OF BETA-1 ADRENORECEPTOR / Beta-1 adrenoreceptor / Beta-1 adrenoceptor


分子量: 2941.242 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular Topological domain / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was prepared by automatic solid phase synthesis (SPPS) using the Fmoc strategy starting from 0.25 mmol of commercial N Fmoc-Lys(Boc)-polymer (Bachem, Switzerland). A copolymer of ...詳細: The peptide was prepared by automatic solid phase synthesis (SPPS) using the Fmoc strategy starting from 0.25 mmol of commercial N Fmoc-Lys(Boc)-polymer (Bachem, Switzerland). A copolymer of styrene with 1% divinylbenzene with a hydroxymethylphenyloxymethyl anchoring group (the Wang-polymer) was used as a carrier. The side functions of the amino acids were blocked by the following protective groups: But for hydroxyl functions of Ser and Tyr; But for carboxyl functions of Asp and Glu; Boc for -amino functions of Lys; Trt for carboxylamide group of Asn, sulfhydryl functions of residues Cys198 and Cys220; Acm for sulfhydryl functions of residues Cys209 and Cys215, and Pbf for guanidine function of Arg. The amino acid chain was elongated stepwise starting from C-terminus using carbodiimide in the presence of 1-hydroxybenzotriasole. When the SPPS was finished, the peptide was cleaved from carrier with the simultaneous removal of the acid-labile protective groups by treatment with trifluoracetic acid with the addition of water, triisopropylsilane and dithiothreitole. The synthesized [Cys(Acm)2]peptide was purified by HPLC to a purity 85-90%. The intramolecular S-S bridge between Cys198 and Cys220 was with hydrogen peroxide at pH 8. The target monocyclic intermediate of peptide was purified by HPLC to a purity 90-95%. The product was characterized by MALDI-TOF mass spectrometry. The second disulfide bond between Cys209 and Cys215 was formed by the treatment of monocyclic intermediate [Cys(Acm)2]peptide with iodine (for simultaneous cleavage of Acm group and formation S-S bridge) in methanol. The bicyclic target product was purified by HPLC to a purity 98% and characterized by MALDI-TOF mass spectrometry.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08588
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THIS IS AN ANALOG OF THE FRAGMENT 197-221 OF BETA-1 ADRENORECEPTOR.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: Analog of the fragment 197-221 of 1- adrenoreceptor
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-13C HSQC aliphatic
1222D 1H-13C HSQC aromatic
1322D DQF-COSY
1422D 1H-1H NOESY
1522D 1H-1H TOCSY
1612D 1H-1H NOESY
1712D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM protein, 1 mM sodium azide, 20 mM [U-100% 2H] sodium acetate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
22 mM protein, 1 mM sodium azide, 20 mM [U-100% 2H] sodium acetate, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMentity-11
1 mMsodium azide-21
20 mMsodium acetate-3[U-100% 2H]1
2 mMentity-42
1 mMsodium azide-52
20 mMsodium acetate-6[U-100% 2H]2
試料状態イオン強度: 22 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DPX / 製造業者: Bruker / モデル: DPX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR1.3Bruker Biospincollection
XwinNMR1.3Bruker Biospin解析
CARA1.9.5Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.9.5Keller and Wuthrichpeak picking
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 182 / NOE intraresidue total count: 70 / NOE long range total count: 24 / NOE medium range total count: 28 / NOE sequential total count: 60
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 1.3 ° / コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.01 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 8 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.3 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.05 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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