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- PDB-2lru: Solution Structure of the WNK1 Autoinhibitory Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lru
タイトルSolution Structure of the WNK1 Autoinhibitory Domain
要素Serine/threonine-protein kinase WNK1
キーワードTRANSFERASE / autoinhibitory domain / PF2 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / monoatomic cation homeostasis / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / lymphocyte migration into lymph node / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / negative regulation of pancreatic juice secretion / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / negative regulation of sodium ion transport / monoatomic ion homeostasis ...negative regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / monoatomic cation homeostasis / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / lymphocyte migration into lymph node / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / negative regulation of pancreatic juice secretion / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / negative regulation of sodium ion transport / monoatomic ion homeostasis / positive regulation of mitotic cytokinesis / intracellular membraneless organelle / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / regulation of mRNA export from nucleus / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / intracellular chloride ion homeostasis / positive regulation of T cell chemotaxis / regulation of sodium ion transmembrane transport / cellular response to chemokine / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / potassium ion homeostasis / cellular hyperosmotic response / membraneless organelle assembly / potassium channel inhibitor activity / cell volume homeostasis / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / positive regulation of systemic arterial blood pressure / protein kinase activator activity / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of protein localization to plasma membrane / phosphatase binding / regulation of sodium ion transport / monoatomic ion transport / potassium ion transmembrane transport / negative regulation of protein ubiquitination / cellular response to calcium ion / sodium ion transmembrane transport / negative regulation of autophagy / molecular condensate scaffold activity / modulation of chemical synaptic transmission / GABA-ergic synapse / regulation of blood pressure / positive regulation of angiogenesis / mitotic spindle / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / heart development / protein phosphorylation / protein kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / magnesium ion binding / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / WNK CCTL2 domain / Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...: / : / WNK CCTL2 domain / Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase WNK1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Moon, T.M. / Correa, F. / Gardner, K.H. / Goldsmith, E.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Solution Structure of the WNK1 Autoinhibitory Domain, a WNK-Specific PF2 Domain.
著者: Moon, T.M. / Correa, F. / Kinch, L.N. / Piala, A.T. / Gardner, K.H. / Goldsmith, E.J.
履歴
登録2012年4月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22013年4月24日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase WNK1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3591
ポリマ－11,3591
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase WNK1 / Protein kinase lysine-deficient 1 / Protein kinase with no lysine 1


分子量: 11358.877 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 480-572 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Wnk1, Hsn2, Prkwnk1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9JIH7, non-specific serine/threonine protein kinase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D (H)CCH-TOCSY
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D HN(CA)CB
1613D H(CCO)NH
1713D C(CO)NH
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.65 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] WNKAI, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.65 mM / 構成要素: WNKAI-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 0.01 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The authors state that two protons (TYR516 hydroxyl, CYS 547 backbone amide) are clashing in 1 model of the 20, and are close in 6/20. While we have not been able to directly assign the ...詳細: The authors state that two protons (TYR516 hydroxyl, CYS 547 backbone amide) are clashing in 1 model of the 20, and are close in 6/20. While we have not been able to directly assign the chemical shifts of that hydroxyl proton given the difficulties of exchange at this site, we believe that our existing NMR data are consistent with arrangement indicating a likely H-bond between the CYS 547 amide proton and TYR 516 hydroxyl oxygen.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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