PDB-2lqv: YebF

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lqv

タイトル

YebF

要素

Protein yebF

キーワード

PROTEIN TRANSPORT /

secretion (分泌)

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / distance geometry,

simulated annealing

Model details

closest to the average, model 1

データ登録者

Prehna, G. / Zhang, G. / Gong, X. / Duszyk, M. / Okon, M. / Mcintosh, L.P. / Weiner, J.H. / Strynadka, N.C.J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: A Protein Export Pathway Involving Escherichia coli Porins.
著者: Prehna, G. / Zhang, G. / Gong, X. / Duszyk, M. / Okon, M. / McIntosh, L.P. / Weiner, J.H. / Strynadka, N.C.

履歴

登録	2012年3月16日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月25日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lqv.cif.gz	342.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lqv.ent.gz	292.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lqv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/2lqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/2lqv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2lu3-d 1wwq-d 6gms-d 5n1z-d 2nef-d 6m10-2 6ew8-d 1r29-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18332

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein yebF

11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 10	target function
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Protein yebF 分子量: 11883.173 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-118 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yebF, b1847, JW1836 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33219

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D CBCA(CO)NH
1	3	1	3D HN(CA)CB
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D HCACO
1	6	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	7	1	3D 1H-15N NOESY
1	8	1	3D 1H-13C NOESY
1	9	1	CCC-TOCSY-NNH
1	10	1	HCC-TOCSY-NNH
1	11	1	(HB)CB(CGCD)HD-aromatic
1	12	1	HBGCBGCCBGCACONNH
1	13	1	CT-HSQC
2	14	1	2D 1H-15N HSQC
2	15	1	3D CBCA(CO)NH
2	16	1	3D HN(CA)CB
2	17	1	3D HNCO
2	18	1	3D HCACO
2	19	1	3D (H)CCH-TOCSY
2	20	1	3D 1H-15N NOESY
2	21	1	3D 1H-13C NOESY
2	22	1	CCC-TOCSY-NNH
2	23	1	HCC-TOCSY-NNH
2	24	1	(HB)CB(CGCD)HD-aromatic
2	25	1	HBGCBGCCBGCACONNH
2	26	1	CT-HSQC

-
試料調製

詳細

内容: 0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] E coli protein, 50 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 0.1 mM TCEP, 0.1 mM PMSF, 95 % H2O, 5 % D2O, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	単位	構成要素	Isotopic labeling	Conc. range (mg/ml)	Solution-ID
	mM	E coli protein-1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	0.5-1	1
50 mM		HEPES-2			1
100 mM		sodium chloride-3			1
0.1 mM		TCEP-4			1
0.1 mM		PMSF-5			1
95 %		H2O-6			1
5 %		D2O-7			1

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	0.1	6.5	ambient	298 K
2	0.1	6.5	ambient	308 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian Unity	Varian	UNITY	500	1
Varian Unity	Varian	UNITY	600	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
NMRDraw	Johnson, One Moon Scientific	データ解析
NMRDraw	Johnson, One Moon Scientific	解析
Sparky	Goddard	chemical shift assignment
Sparky	Goddard	peak picking
TALOS	Cornilescu, Delaglio and Bax	geometry optimization
TALOS	Cornilescu, Delaglio and Bax	構造決定
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化
CNSSOLVE	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: distance geometry,

simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)