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- PDB-2lqm: Solution Structures of RadA intein from Pyrococcus horikoshii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lqm
タイトルSolution Structures of RadA intein from Pyrococcus horikoshii
要素Pho radA intein
キーワードUNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA recombinase assembly / mitotic recombination / DNA strand invasion / intein-mediated protein splicing / DNA strand exchange activity / ATP-dependent DNA damage sensor activity / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / DNA recombination/repair protein RadA / Intein splicing domain / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region ...Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / DNA recombination/repair protein RadA / Intein splicing domain / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair and recombination protein RadA
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Oeemig, J.S. / Zhou, D. / Kajander, T. / Wlodawer, A. / Iwai, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: NMR and Crystal Structures of the Pyrococcus horikoshii RadA Intein Guide a Strategy for Engineering a Highly Efficient and Promiscuous Intein.
著者: Oeemig, J.S. / Zhou, D. / Kajander, T. / Wlodawer, A. / Iwai, H.
履歴
登録2012年3月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pho radA intein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9191
ポリマ－19,9191
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Pho radA intein / DNA repair and recombination protein radA


分子量: 19918.551 Da / 分子数: 1 / 変異: C1A, T173A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: DNA repair and recombination protein RadA, PH0263, radA
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: O58001

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-15N HSQC
1312D 1H-13C HSQC aliphatic
1412D 1H-13C HSQC aromatic
1513D CBCA(CO)NH
1613D C(CO)NH
1713D HNCO
1813D HNCA
1913D HN(CA)CB
11013D HBHA(CO)NH
11113D HN(CO)CA
11213D HNHB
11313D 1H-15N TOCSY
11413D HCACO
11513D 1H-13C NOESY aliphatic
11613D 1H-15N NOESY
11713D (H)CCH-COSY
11813D (H)CCH-TOCSY
1191intraHNCA
1201(HB)CB(CGCD)HD
1211(HB)CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細内容: 0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PhoRadA intein, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMPhoRadA intein-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMpotassium phosphate-21
試料状態pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber11Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm精密化
VnmrJ2.2Variancollection
NMRPipe5Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CINGGeerten W. Vuisterstructure validation
CCPNMR2.2CCPNデータ解析
TALOSTALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 3515 / NOE intraresidue total count: 688 / NOE long range total count: 1436 / NOE medium range total count: 425 / NOE sequential total count: 966 / Protein phi angle constraints total count: 136 / Protein psi angle constraints total count: 144
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 12.26 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.67 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0152 Å / Distance rms dev error: 0.0024 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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