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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2llj | ||||||
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タイトル | Structure of a bis-naphthalene bound to a thymine-thymine DNA mismatch | ||||||
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![]() | DNA / DNA thymine mismatch / macrocyle / bisintercalation | ||||||
機能・相同性 | Chem-LLJ / DNA / DNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
![]() | Jourdan, M. / Granzhan, A. / Guillot, R. / Dumy, P. / Teulade-Fichou, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Double threading through DNA: NMR structural study of a bis-naphthalene macrocycle bound to a thymine-thymine mismatch. 著者: Jourdan, M. / Granzhan, A. / Guillot, R. / Dumy, P. / Teulade-Fichou, M.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 490.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3365.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3334.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 化合物 | ChemComp-LLJ / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 1.5 mM DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*GP*TP*GP*C)-3'), 1.5 mM DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*GP*AP*CP*G)-3'), 1.5 mM 2,7-bisnaphthalene, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.06 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 283 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 5 |