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万見
- PDB-2lk9: Structure of BST-2/Tetherin Transmembrane Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lk9
タイトルStructure of BST-2/Tetherin Transmembrane Domain
要素Bone marrow stromal antigen 2
キーワードANTIVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Membrane / Micelle / ANTIVIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of plasmacytoid dendritic cell cytokine production / negative regulation of intracellular transport of viral material / response to interferon-beta / response to interferon-alpha / metalloendopeptidase inhibitor activity / positive regulation of leukocyte proliferation / azurophil granule membrane / negative regulation of viral genome replication / B cell activation / response to type II interferon ...negative regulation of plasmacytoid dendritic cell cytokine production / negative regulation of intracellular transport of viral material / response to interferon-beta / response to interferon-alpha / metalloendopeptidase inhibitor activity / positive regulation of leukocyte proliferation / azurophil granule membrane / negative regulation of viral genome replication / B cell activation / response to type II interferon / side of membrane / multivesicular body / negative regulation of cell migration / regulation of actin cytoskeleton organization / response to virus / negative regulation of cell growth / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / membrane raft / apical plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bone marrow stromal antigen 2 / Bone marrow stromal antigen 2
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone marrow stromal antigen 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Skasko, M. / Wang, Y. / Tian, Y. / Tokarev, A. / Munguia, J. / Ruiz, A. / Stephens, E. / Opella, S. / Guatelli, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: HIV-1 Vpu Protein Antagonizes Innate Restriction Factor BST-2 via Lipid-embedded Helix-Helix Interactions.
著者: Skasko, M. / Wang, Y. / Tian, Y. / Tokarev, A. / Munguia, J. / Ruiz, A. / Stephens, E.B. / Opella, S.J. / Guatelli, J.
履歴
登録2011年10月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月18日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bone marrow stromal antigen 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9201
ポリマ－3,9201
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Bone marrow stromal antigen 2 / BST-2 / HM1.24 antigen / Tetherin


分子量: 3920.190 Da / 分子数: 1
断片: Helical Signal-anchor for type II membrane protein region residues 22-45
変異: C20S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BST2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q10589

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCA

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-100% 15N] BST, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: BST-2-1 / Isotopic labeling: [U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 0 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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