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万見
- PDB-2lk2: Solution NMR structure of homeobox domain (171-248) of human home... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lk2
タイトルSolution NMR structure of homeobox domain (171-248) of human homeobox protein TGIF1, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR4411B
要素Homeobox protein TGIF1
キーワードTRANSCRIPTION / NESG / Structural Genomics / Northeast Structural Genomics Consortium / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


co-SMAD binding / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / cellular response to growth factor stimulus / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity ...co-SMAD binding / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / cellular response to growth factor stimulus / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Homeobox protein TGIF1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Yang, Y. / Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Shastry, R. / Ciccosanti, C. / Hamilton, K. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. ...Yang, Y. / Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Shastry, R. / Ciccosanti, C. / Hamilton, K. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of homeobox domain (171-248) of human homeobox protein TGIF1, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR4411B.
著者: Yang, Y. / Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Shastry, R. / Ciccosanti, C. / Hamilton, K. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2011年9月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeobox protein TGIF1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6881
ポリマ－10,6881
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 150structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Homeobox protein TGIF1 / 5'-TG-3'-interacting factor 1


分子量: 10688.159 Da / 分子数: 1
断片: Homeobox TALE-type DNA binding domain residues 171-248
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGIF1, TGIF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15583

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1432D 1H-15N HSQC
1532D 1H-13C HSQC
1622D 1H-13C HSQC-CT
1723D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY aliph
1913D HNCO
11013D HN(CA)CB
11113D CBCA(CO)NH
11213D HNCA
11313D HN(CO)CA
11413D HBHA(CO)NH
11513D H(CCO)NH
11613D C(CCO)NH
11713D (H)CCH-COSY
11813D (H)CCH-TOCSY
11933D CCH-TOCSY
12034D CC-NOESY
12113D 1H-15N NOESY NUS

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] homeobox domain (171-248) of human homeobox protein TGIF1, 20 mM ammonium acetate, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 10 mM DTT, 5 mM calcium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.36 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] homeobox domain (171-248) of human homeobox protein TGIF1, 20 mM ammonium acetate, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 5 mM calcium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] homeobox domain (171-248) of human homeobox protein TGIF1, 20 mM ammonium acetate, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 10 mM DTT, 5 mM calcium chloride, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.41 mMhomeobox domain (171-248) of human homeobox protein TGIF1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMammonium acetate-21
100 mMsodium chloride-31
0.02 %sodium azide-41
10 mMDTT-51
5 mMcalcium chloride-61
0.36 mMhomeobox domain (171-248) of human homeobox protein TGIF1-7[U-5% 13C; U-100% 15N]2
20 mMammonium acetate-82
100 mMsodium chloride-92
10 mMDTT-102
0.02 %sodium azide-112
5 mMcalcium chloride-122
0.41 mMhomeobox domain (171-248) of human homeobox protein TGIF1-13[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMammonium acetate-143
100 mMsodium chloride-153
0.02 %sodium azide-163
10 mMDTT-173
5 mMcalcium chloride-183
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker Avance IIIBrukerAVANCE III8502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2008Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMR6.1CVariancollection
TopSpin2.1.4Bruker Biospincollection
ASDP1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
X-PLOR NIH2.25Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
Sparky3.113Goddardデータ解析
PSVS1.4Bhattacharya and Montelione精密化
AutoAssign2.3Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
PdbStat5.4(PdbStat)-Roberto Tejero and Gaetano T. Montelione構造決定
PINE Server1Bahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift autoassignment
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR_NIH_with_HBDBSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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