0.41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] homeobox domain (171-248) of human homeobox protein TGIF1, 20 mM ammonium acetate, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 10 mM DTT, 5 mM calcium chloride, 90% H2O/10% D2O
90% H2O/10% D2O
2
0.36 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] homeobox domain (171-248) of human homeobox protein TGIF1, 20 mM ammonium acetate, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 5 mM calcium chloride, 90% H2O/10% D2O
90% H2O/10% D2O
3
0.41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] homeobox domain (171-248) of human homeobox protein TGIF1, 20 mM ammonium acetate, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 10 mM DTT, 5 mM calcium chloride, 100% D2O
100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)
構成要素
Isotopic labeling
Solution-ID
0.41mM
homeobox domain (171-248) of human homeobox protein TGIF1-1
[U-100% 13C; U-100% 15N]
1
20mM
ammonium acetate-2
1
100mM
sodium chloride-3
1
0.02 %
sodium azide-4
1
10mM
DTT-5
1
5mM
calcium chloride-6
1
0.36mM
homeobox domain (171-248) of human homeobox protein TGIF1-7
[U-5% 13C; U-100% 15N]
2
20mM
ammonium acetate-8
2
100mM
sodium chloride-9
2
10mM
DTT-10
2
0.02 %
sodium azide-11
2
5mM
calcium chloride-12
2
0.41mM
homeobox domain (171-248) of human homeobox protein TGIF1-13
[U-100% 13C; U-100% 15N]
3
20mM
ammonium acetate-14
3
100mM
sodium chloride-15
3
0.02 %
sodium azide-16
3
10mM
DTT-17
3
5mM
calcium chloride-18
3
試料状態
イオン強度: 0.2 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ
製造業者
モデル
磁場強度 (MHz)
Spectrometer-ID
Varian INOVA
Varian
INOVA
600
1
Bruker Avance III
Bruker
AVANCEIII
850
2
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
NMRPipe
2008
Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, PfeiferandBax
解析
VNMR
6.1C
Varian
collection
TopSpin
2.1.4
BrukerBiospin
collection
ASDP
1
Huang, Tejero, PowersandMontelione
データ解析
X-PLOR NIH
2.25
Schwieters, Kuszewski, TjandraandClore
構造決定
CNS
1.2
Brunger, Adams, Clore, Gros, NilgesandRead
精密化
Sparky
3.113
Goddard
データ解析
PSVS
1.4
BhattacharyaandMontelione
精密化
AutoAssign
2.3
Zimmerman, Moseley, KulikowskiandMontelione
chemicalshiftassignment
PdbStat
5.4
(PdbStat)-Roberto Tejero and Gaetano T. Montelione
構造決定
PINE Server
1
Bahrami, Markley, Assadi, andEghbalnia
chemicalshiftautoassignment
CYANA
3
Guntert, MumenthalerandWuthrich
構造決定
X-PLOR_NIH_with_HBDB
Schwieters, Kuszewski, TjandraandClore
精密化
精密化
手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造
選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 20