PDB-2ljq: (C9S, C14S)-leucocin A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ljq

タイトル

(C9S, C14S)-leucocin A

要素

Bacteriocin leucocin-A

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / alpha helix

機能・相同性

Bacteriocin, class IIa / Bacteriocin, class IIa, conserved site / Bacteriocin class IIa domain superfamily / Class II bacteriocin / Bacteriocin class IIa family signature. / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / Bacteriocin leucocin-A

機能・相同性情報

生物種

Leuconostoc gelidum (バクテリア)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Sit, C.S. / Lohans, C.T. / van Belkum, M.J. / Campbell, C.D. / Miskolzie, M. / Vederas, J.C.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2012
タイトル: Substitution of a Conserved Disulfide in the Type IIa Bacteriocin, Leucocin A, with L-Leucine and L-Serine Residues: Effects on Activity and Three-Dimensional Structure.
著者: Sit, C.S. / Lohans, C.T. / van Belkum, M.J. / Campbell, C.D. / Miskolzie, M. / Vederas, J.C.

履歴

登録	2011年9月22日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ljq.cif.gz	239.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ljq.ent.gz	202.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ljq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/2ljq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/2ljq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ljtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1epi-d 226d-d 1a9j-d 1rn9-d 6a8y-d 1ql5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 17955

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bacteriocin leucocin-A

3.91 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	all calculated structures submitted
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Bacteriocin leucocin-A / Leucocin A-UAL 187 / Leu A 分子量: 3905.193 Da / 分子数: 1 / 変異: C9S, C14S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leuconostoc gelidum (バクテリア) 遺伝子: lcnA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P34034

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-13C HSQC
1	2	1	2D 1H-15N HSQC
1	3	1	3D HNHA
1	4	1	3D CBCA(CO)NH
1	5	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	6	1	3D HNCO
1	7	1	3D HN(CA)CB
1	8	1	3D 1H-13C NOESY
1	9	1	3D 1H-15N NOESY
1	10	1	3D 1H-15N TOCSY

-
試料調製

詳細

内容: 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] peptide, 100 uM DSS, trifluoroethanol/water
溶媒系: trifluoroethanol/water

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.5 mM	peptide-1	[U-99% 13C; U-99% 15N]	1
100 uM	DSS-2		1

試料状態

イオン強度: 0 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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