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万見
- PDB-2lix: Solution structure Analysis of the ImKTx104 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lix
タイトルSolution structure Analysis of the ImKTx104
要素Potassium Channel Toxins
キーワードTOXIN / disulfide bond stabilized structure
機能・相同性potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 28.1
機能・相同性情報
生物種Lychas mucronatus (サソリ)
手法溶液NMR / simulated annealing, energy minimization
Model detailsclosest to the mean of the 20 conformers, model 8
データ登録者Zeng, D.Y. / Jiang, L.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structural and functional diversity of acidic scorpion potassium channel toxins.
著者: Chen, Z.Y. / Zeng, D.Y. / Hu, Y.T. / He, Y.W. / Pan, N. / Ding, J.P. / Cao, Z.J. / Liu, M.L. / Li, W.X. / Yi, H. / Jiang, L. / Wu, Y.L.
履歴
登録2011年9月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium Channel Toxins


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,9291
ポリマ－2,9291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20020 structures for lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the mean of the 20 conformers

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Potassium Channel Toxins / ImKTx104


分子量: 2929.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lychas mucronatus (サソリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: R4GUQ3*PLUS
Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-edited 3D NOESY-HSQC
12115N,1H-HSQC
1311H,1H-TOCSY
1411H,1H-NOESY

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試料調製

詳細内容: 2 mM [U-15N] entity_1-1, 20 mM sodium phosphate-2, 90% v/v H2O-3, 10% v/v [U-99% 2H] D2O-4, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMentity_1-1[U-15N]1
20 mMsodium phosphate-21
90 v/vH2O-31
10 v/vD2O-4[U-99% 2H]1
試料状態pH: 5 / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software名称: CYANA / 開発者: Guntert, P. / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing, energy minimization / ソフトェア番号: 1
詳細: 200 structures were calculated with the Cyana 2.1 program starting from randomly generated conformers in 10,000 annealing steps, 20 conformoers with minimal target functions were selected to ...詳細: 200 structures were calculated with the Cyana 2.1 program starting from randomly generated conformers in 10,000 annealing steps, 20 conformoers with minimal target functions were selected to undergo energy minimization using the AMBER force field
代表構造選択基準: closest to the mean of the 20 conformers
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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