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万見
- PDB-2li2: Mono-O-GalNAc glycosylated Mucin sequence based on MUC2 Mucin gly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2li2
タイトルMono-O-GalNAc glycosylated Mucin sequence based on MUC2 Mucin glycoprotein tandem repeat
要素MUC2 Mucin Domain Peptide
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / glycosylation / Tn antigen
機能・相同性2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / torsion space simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Borgert, A. / Heimburg-Molinaro, J. / Lasanajak, Y. / Ju, T. / Liu, M. / Thompson, P. / Ragupathi, G. / Barany, G. / Cummings, R. / Smith, D. / Live, D.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Deciphering structural elements of mucin glycoprotein recognition.
著者: Borgert, A. / Heimburg-Molinaro, J. / Song, X. / Lasanajak, Y. / Ju, T. / Liu, M. / Thompson, P. / Ragupathi, G. / Barany, G. / Smith, D.F. / Cummings, R.D. / Live, D.
履歴
登録2011年8月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_ensemble / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年6月14日Group: Database references / Other / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_database_status
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MUC2 Mucin Domain Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,0032
ポリマ－7821
非ポリマー2211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)77 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド MUC2 Mucin Domain Peptide


分子量: 781.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized via solid phase peptide synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 糖 ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
構成要素の詳細THE MODIFIED SEQUENCE PTTTPLK FRAGMENT WAS CHOSEN BECAUSE IT WAS RELEVANT TO STRUCTURE/FUNCTION ...THE MODIFIED SEQUENCE PTTTPLK FRAGMENT WAS CHOSEN BECAUSE IT WAS RELEVANT TO STRUCTURE/FUNCTION ANALYSIS OF POST TRANSLATIONAL GLYCOSYLATION OF MUC2, FOR WHICH IT WAS USED AS A MODEL SUBSTRATE. STUDIES ON IT AND ON O-GALNAC GLYCOSYLATED FORMS HAD BEEN CARRIED OUT USING SEVERAL POLYPEPTIDE GALNAC TRANSFERASE ISOFORMS.
配列の詳細THE SEQUENCE PTTTP IS PART OF THE MUC2 MUCIN REPEAT POLYPEPTIDE PTTTPITTTTTVTPTPTPTGTQT.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-1H NOESY
1213D TOCSY-NOESY
1312D 1H-15N HSQC
1412D 1H-13C HSQC
1512D 1H-1H TOCSY
1622D 1H-1H COSY
1712D 1H-13C HMBC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12-10 mM MUC2 Mucin Domain Peptide-1, 2-10 mM SUGAR (N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE)-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
22-10 mM MUC2 Mucin Domain Peptide-3, 2-10 mM SUGAR (N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE)-4, 100% D2O100% D2O
試料
単位構成要素Conc. range (mg/ml)Solution-ID
mMMUC2 Mucin Domain Peptide-12-101
mMSUGAR (N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE)-22-101
mMMUC2 Mucin Domain Peptide-32-102
mMSUGAR (N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE)-42-102
試料状態pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002
Varian INOVAVarianINOVA9003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.構造決定
XPLOR-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: torsion space simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 77 / Maximum distance constraint violation: 0.25 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 5 °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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