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- PDB-2lh5: X-RAY STRUCTURAL INVESTIGATION OF LEGHEMOGLOBIN. VI. STRUCTURE OF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lh5
タイトルX-RAY STRUCTURAL INVESTIGATION OF LEGHEMOGLOBIN. VI. STRUCTURE OF ACETATE-FERRILEGHEMOGLOBIN AT A RESOLUTION OF 2.0 ANGSTROMS (RUSSIAN)
要素LEGHEMOGLOBIN (FLUORO MET)
キーワードOXYGEN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


nodulation / response to nitrate / nitrogen fixation / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leghaemoglobin, iron-binding site / Plant hemoglobins signature. / Leghaemoglobin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Leghaemoglobin, iron-binding site / Plant hemoglobins signature. / Leghaemoglobin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLUORIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Leghemoglobin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Vainshtein, B.K. / Harutyunyan, E.H. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovsky, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V.
引用
ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1980
タイトル: X-Ray Structural Investigation of Leghemoglobin. Vi. Structure of Acetate-Ferrileghemoglobin at a Resolution of 2.0 Angstroms (Russian)
著者: Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Vainshtein, B.K. / Steigemann, W.
#1: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1980
タイトル: X-Ray Structural Investigation of Leghemoglobin. Vi. Structure of Acetate-Ferrileghemoglobin at a Resolution of 2.0 Angstroms
著者: Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Vainshtein, B.K. / Steigemann, W.
#2: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1978
タイトル: X-Ray Diffraction Study of Leghemoglobin. Iv. Determination of the Structure with 2.8 Angstroms Resolution (Russian)
著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Nekrasov, Y.V.
#3: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1978
タイトル: X-Ray Structural Investigation of Leghemoglobin. Iv. Structure Determination at a Resolution of 2.8 Angstroms
著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Nekrasov, Y.V.
#4: ジャーナル: Dokl.Akad.Nauk Sssr / 年: 1977
タイトル: Spatial Structure of Lupine Leghemoglobin with the 2.8 Angstroms Resolution (Russian)
著者: Vainshtein, B.K. / Arutiunian, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V. / Nekrasov, I.V.
#5: ジャーナル: Dokl.Biochem.(Engl.Transl.) / 年: 1977
タイトル: Three-Dimensional Structure of Lupine Leghemoglobin with a Resolution of 2.8 Angstroms
著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V. / Nekrasov, Y.V.
#6: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1977
タイトル: X-Ray Structural Study of Leghemoglobin. III. Crystallographic Data on the Structure of the First Component (Russian)
著者: Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Grebenko, A.I. / Voronova, A.A.
#7: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1977
タイトル: X-Ray Structural Study of Leghemoglobin. III. Crystallographic Data Regarding the Structure of the First Component
著者: Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Grebenko, A.I. / Voronova, A.A.
#8: ジャーナル: Int.J.Pept.Protein Res. / 年: 1976
タイトル: The Haem-Accessibility in Leghaemoglobin of Lupinus Luteus as Observed by Proton Magnetic Relaxation
著者: Vuk-Pavlovic, S. / Benko, B. / Maricic, S. / Kuranova, G. / Lahajnar, I.P. / Vainshtein, B.K.
#9: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1974
タイトル: The X-Ray Structural Study of Leghemoglobin. II. Determination of the Structure at 5 Angstroms Resolution (Russian)
著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V.
#10: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1975
タイトル: X-Ray Study of Leghemoglobin. II. Determination of the Structure with Resolution of 5 Angstroms
著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V.
#11: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1974
タイトル: The X-Ray Structural Study of Leghemoglobin. I. Purification, Crystallization, and Production of Derivatives Containing Heavy Atoms (Russian)
著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V.
#12: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1975
タイトル: X-Ray Study of Leghemoglobin. I.Purification, Crystallization, and Preparation of Derivatives Containing Heavy Atoms
著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V.
#13: ジャーナル: Nature / 年: 1975
タイトル: Structure of Leghaemoglobin from Lupin Root Nodules at 5 Angstroms Resolution
著者: Vainshtein, B.K. / Harutyunyan, E.H. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovsky, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V.
#14: ジャーナル: Dokl.Akad.Nauk Sssr / 年: 1974
タイトル: X-Ray Determination of Three-Dimensional Structure of Leghemoglobin from Lupinus Luteus L. At 5 Angstroms Resolution (Russian)
著者: Vainshtein, B.K. / Arutiunian, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V.
#15: ジャーナル: Dokl.Biochem.(Engl.Transl.) / 年: 1974
タイトル: X-Ray Diffraction Determination of the Three-Dimensional Structure of Leghemoglobin of Lupinus Luteus L. With 5 Angstroms Resolution
著者: Vainshtein, B.K. / Arutyunyan, E.G. / Kuranova, I.P. / Borisov, V.V. / Sosfenov, N.I. / Pavlovskii, A.G. / Grebenko, A.I. / Konareva, N.V.
#16: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1971
タイトル: Cell Parameters of Crystalline Plant (Lupinus Luteus (Lupine)) Hemoglobin (Russian)
著者: Arutyunyan, E.G. / Zaitsev, V.N. / Zhiznevskaya, G.Y. / Borodenko, L.I.
#17: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1971
タイトル: Unit-Cell Parameters of Crystalline Plant Hemoglobin
著者: Arutyunyan, E.G. / Zaitsev, V.N. / Zhiznevskaya, G.Y. / Borodenko, L.I.
履歴
登録1982年4月23日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01983年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02024年10月9日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation_author ...atom_site / citation_author / database_PDB_matrix / pdbx_entry_details / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_planes.rmsd / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi
詳細: Coordinates transformed into standard crystal frame / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEGHEMOGLOBIN (FLUORO MET)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3103
ポリマ－16,6741
非ポリマー6352
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.340, 38.240, 51.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 98.80
Int Tables number5
Space group name H-MB112
Atom site foot note1: THIS ATOM WAS NOT RESOLVED IN THE FOURIER MAP.

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要素

#1: タンパク質 LEGHEMOGLOBIN (FLUORO MET)


分子量: 16674.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ)
参照: UniProt: P02240
#2: 化合物 ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド


分子量: 18.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.18 %

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解析

精密化最高解像度: 2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1180 0 44 67 1291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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