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- PDB-2lfw: NMR structure of the PhyRSL-NepR complex from Sphingomonas sp. Fr1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lfw
タイトルNMR structure of the PhyRSL-NepR complex from Sphingomonas sp. Fr1
要素
  • NepR anti sigma factor
  • PhyR sigma-like domain
キーワードSIGNALING PROTEIN / signal transduction / response regulator / sigma factor mimicry / anti-sigma factor / general stress response
機能・相同性
機能・相同性情報


molecular function inhibitor activity / phosphorelay signal transduction system
類似検索 - 分子機能
Anti-sigma factor NepR / Anti-sigma factor NepR / Signal transduction response regulator PhyR-like, alphaproteobacteria / : / : / Sigma2 domain of PhyR / Response regulator PhyR, sigma-like domain / PhyR, sigma-like (SL) domain / : / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 ...Anti-sigma factor NepR / Anti-sigma factor NepR / Signal transduction response regulator PhyR-like, alphaproteobacteria / : / : / Sigma2 domain of PhyR / Response regulator PhyR, sigma-like domain / PhyR, sigma-like (SL) domain / : / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sphingomonas sp. Fr1 (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 15
データ登録者Campagne, S. / Damberger, F.F. / Vorholt, J.A. / Allain, F.H.-T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis for sigma factor mimicry in the general stress response of Alphaproteobacteria.
著者: Campagne, S. / Damberger, F.F. / Kaczmarczyk, A. / Francez-Charlot, A. / Allain, F.H. / Vorholt, J.A.
履歴
登録2011年7月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Database references
改定 1.22012年6月6日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PhyR sigma-like domain
B: NepR anti sigma factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2592
ポリマ－24,2592
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 20structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 PhyR sigma-like domain


分子量: 17336.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas sp. Fr1 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: G8HXE0*PLUS
#2: タンパク質 NepR anti sigma factor


分子量: 6923.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas sp. Fr1 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: G8HXD9*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: NMR structure of the PhyRSL-NepR complex from Sphingomonas sp. Fr1
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1313D HNCO
1413D HN(CA)CB
1513D CBCA(CO)NH
1613D (H)CCH-TOCSY
1713D 1H-13C NOESY aliphatic
1813D 1H-13C HSQC aromatic
1913D 1H-15N NOESY
11023D HNCO
11123D HN(CA)CB
11223D CBCA(CO)NH
11323D (H)CCH-TOCSY
11423D 1H-15N NOESY
11523D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PhyR sigma like domain, 0.8 mM NepR anti sigma factor, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM PhyR sigma like domain, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NepR anti sigma factor, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMPhyR sigma like domain-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.8 mMNepR anti sigma factor-21
0.8 mMPhyR sigma like domain-32
0.8 mMNepR anti sigma factor-4[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 0.06 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004

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解析

NMR software
名称開発者分類
CARABartels et al.chemical shift assignment
ATNOS_CANDIDGuntert, Braun and Wuthrichpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2775 / NOE intraresidue total count: 704 / NOE long range total count: 1333 / NOE medium range total count: 1333 / NOE sequential total count: 738
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 15 / Maximum upper distance constraint violation: 0.39 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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