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- PDB-2lex: Complex of the C-terminal WRKY domain of AtWRKY4 and a W-box DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lex
タイトルComplex of the C-terminal WRKY domain of AtWRKY4 and a W-box DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*G*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*C*TP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*G)-3')
  • Probable WRKY transcription factor 4
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / transcription / TRANSCRIPTION-DNA complex / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to fungus / negative regulation of defense response to bacterium / response to ethylene / response to salicylic acid / response to jasmonic acid / defense response / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding ...regulation of defense response to fungus / negative regulation of defense response to bacterium / response to ethylene / response to salicylic acid / response to jasmonic acid / defense response / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
WRKY domain / WRKY transcription factor, plant / WRKY domain / WRKY domain superfamily / WRKY DNA -binding domain / WRKY domain profile. / DNA binding domain / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Probable WRKY transcription factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Yamasaki, K. / Kigawa, T. / Watanabe, S. / Inoue, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for sequence-spscific DNA recognition by an Arabidopsis WRKY transcription factor
著者: Yamasaki, K. / Kigawa, T. / Watanabe, S. / Inoue, M. / Yamasaki, T. / Seki, M. / Shinozaki, K. / Yokoyama, S.
履歴
登録2011年6月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable WRKY transcription factor 4
B: DNA (5'-D(*CP*G*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*C*TP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4524
ポリマ－18,3873
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Probable WRKY transcription factor 4 / WRKY DNA-binding protein 4


分子量: 8587.530 Da / 分子数: 1 / 断片: WRKY domain, residues 399-469 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: WRKY4 / 発現宿主: cell free synthesis (unknown) / 参照: UniProt: Q9XI90
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*G*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*GP*C)-3')


分子量: 4835.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*C*TP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*CP*G)-3')


分子量: 4964.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D DQF-COSY
1422D 1H-15N HSQC
1523D HNCA
1623D HN(CO)CA
1723D HN(CA)CB
1823D CBCA(CO)NH
1923D 1H-15N NOESY
11023D 1H-15N TOCSY
21132D 1H-15N HSQC
31242D 1H-15N HSQC
31342D 1H-15N IPAP-HSQC
31452D 1H-15N HSQC
31552D 1H-15N IPAP-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4-1.0 mM WRKY domain-1, 0.4-1.0 mM W-box DNA chain 1-2, 0.4-1.0 mM W-box DNA chain 2-3, 20 mM potassium phosphate-4, 200 mM potassium chloride-5, 20 uM zinc chloride-6, 1 mM [U-2H] DTT-7, 50 uM DSS-8, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.4-1.0 mM [U-13C; U-15N] WRKY domain-9, 0.4-1.0 mM W-box DNA chain 1-10, 0.4-1.0 mM W-box DNA chain 2-11, 20 mM potassium phosphate-12, 200 mM potassium chloride-13, 20 uM zinc chloride-14, 1 mM [U-2H] DTT-15, 50 uM DSS-16, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.4-1.0 mM [U-13C; U-15N] WRKY domain-17, 0.4-1.0 mM W-box DNA chain 1-18, 0.4-1.0 mM W-box DNA chain 2-19, 20 mM potassium phosphate-20, 200 mM potassium chloride-21, 20 uM zinc chloride-22, 1 mM [U-2H] DTT-23, 50 uM DSS-24, 100% D2O100% D2O
40.4-1.0 mM [U-15N] WRKY domain-25, 0.4-1.0 mM [U-15N]-T W-box DNA chain 1-26, 0.4-1.0 mM [U-15N]-T W-box DNA chain 2-27, 20 mM potassium phosphate-28, 200 mM potassium chloride-29, 20 uM zinc chloride-30, 1 mM [U-2H] DTT-31, 50 uM DSS-32, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
50.4-1.0 mM [U-15N] WRKY domain-33, 0.4-1.0 mM [U-15N]-T W-box DNA chain 1-34, 0.4-1.0 mM [U-15N]-T W-box DNA chain 2-35, 20 mM potassium phosphate-36, 200 mM potassium chloride-37, 20 uM zinc chloride-38, 1 mM [U-2H] DTT-39, 50 uM DSS-40, 12 mg/mL Pf1 phage-41, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMWRKY domain-10.4-1.01
mMW-box DNA chain 1-20.4-1.01
mMW-box DNA chain 2-30.4-1.01
20 mMpotassium phosphate-41
200 mMpotassium chloride-51
20 uMzinc chloride-61
1 mMDTT-7[U-2H]1
50 uMDSS-81
mMWRKY domain-9[U-13C; U-15N]0.4-1.02
mMW-box DNA chain 1-100.4-1.02
mMW-box DNA chain 2-110.4-1.02
20 mMpotassium phosphate-122
200 mMpotassium chloride-132
20 uMzinc chloride-142
1 mMDTT-15[U-2H]2
50 uMDSS-162
mMWRKY domain-17[U-13C; U-15N]0.4-1.03
mMW-box DNA chain 1-180.4-1.03
mMW-box DNA chain 2-190.4-1.03
20 mMpotassium phosphate-203
200 mMpotassium chloride-213
20 uMzinc chloride-223
1 mMDTT-23[U-2H]3
50 uMDSS-243
mMWRKY domain-25[U-15N]0.4-1.04
mMW-box DNA chain 1-26[U-15N]-T0.4-1.04
mMW-box DNA chain 2-27[U-15N]-T0.4-1.04
20 mMpotassium phosphate-284
200 mMpotassium chloride-294
20 uMzinc chloride-304
1 mMDTT-31[U-2H]4
50 uMDSS-324
mMWRKY domain-33[U-15N]0.4-1.05
mMW-box DNA chain 1-34[U-15N]-T0.4-1.05
mMW-box DNA chain 2-35[U-15N]-T0.4-1.05
20 mMpotassium phosphate-365
200 mMpotassium chloride-375
20 uMzinc chloride-385
1 mMDTT-39[U-2H]5
50 uMDSS-405
12 mg/mLPf1 phage-415
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
12006ambient 303 K
22006ambient 283 K
32006ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX7501
Bruker DMXBrukerDMX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
Felix2000Accelrys Software Inc.データ解析
TALOS+Shen, Delaglio, Cornilescu, Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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