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- PDB-2leu: HIGH RESOLUTION 1H NMR STUDY OF LEUCOCIN A IN 90% AQUEOUS TRIFLUO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2leu
タイトルHIGH RESOLUTION 1H NMR STUDY OF LEUCOCIN A IN 90% AQUEOUS TRIFLUOROETHANOL (TFE) (0.1% TFA), 18 STRUCTURES
要素LEUCOCIN A
キーワードANTIBACTERIAL PEPTIDE / BACTERIOCIN
機能・相同性Bacteriocin, class IIa / Bacteriocin, class IIa, conserved site / Bacteriocin class IIa domain superfamily / Class II bacteriocin / Bacteriocin class IIa family signature. / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / Bacteriocin leucocin-A
機能・相同性情報
生物種Leuconostoc gelidum (バクテリア)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Gallagher, N.L.F. / Sailer, M. / Niemczura, W.P. / Nakashima, T.T. / Stiles, M.E. / Vederas, J.C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Three-dimensional structure of leucocin A in trifluoroethanol and dodecylphosphocholine micelles: spatial location of residues critical for biological activity in type IIa bacteriocins ...タイトル: Three-dimensional structure of leucocin A in trifluoroethanol and dodecylphosphocholine micelles: spatial location of residues critical for biological activity in type IIa bacteriocins from lactic acid bacteria.
著者: Fregeau Gallagher, N.L. / Sailer, M. / Niemczura, W.P. / Nakashima, T.T. / Stiles, M.E. / Vederas, J.C.
#1: ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 1995
タイトル: Molecular Characterization of Genes Involved in the Production of the Bacteriocin Leucocin a from Leuconostoc Gelidum
著者: Van Belkum, M.J. / Stiles, M.E.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: 15N-and 13C-Labeled Media from Anabaena Sp. For Universal Isotopic Labeling of Bacteriocins: NMR Resonance Assignments of Leucocin a from Leuconostoc Gelidum and Nisin a from Lactococcus Lactis
著者: Sailer, M. / Helms, G.L. / Henkel, T. / Niemczura, W.P. / Stiles, M.E. / Vederas, J.C.
#3: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1992
タイトル: NMR Assignment of Leucocin A, a Bacteriocin from Leuconostoc Gelidum, Supported by a Stable Isotope Labeling Technique for Peptides and Proteins
著者: Henkel, T. / Sailer, M. / Helms, G.L. / Stiles, M.E. / Vederas, J.C.
#4: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1991
タイトル: Characterization of Leucocin A-Ual 187 and Cloning of the Bacteriocin Gene from Leuconostoc Gelidum
著者: Hastings, J.W. / Sailer, M. / Johnson, K. / Roy, K.L. / Vederas, J.C. / Stiles, M.E.
履歴
登録1997年5月20日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEUCOCIN A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9371
ポリマ－3,9371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 20LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド LEUCOCIN A


分子量: 3937.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leuconostoc gelidum (バクテリア) / 株: UAL 187 / 参照: UniProt: P34034
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131DQF-COSY

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試料調製

試料状態pH: 2.8 / 温度: 299 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY 500 / 製造業者: Varian / モデル: UNITY 500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DGIIHAVEL精密化
DGII (MSI)(MSI)構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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