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- PDB-2le4: Solution structure of the HMG box DNA-binding domain of human ste... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2le4
タイトルSolution structure of the HMG box DNA-binding domain of human stem cell transcription factor Sox2
要素Transcription factor SOX-2
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


glial cell fate commitment / regulation of myofibroblast cell apoptotic process / Formation of the posterior neural plate / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG repress genes related to differentiation / Formation of the anterior neural plate / response to oxygen-glucose deprivation / endodermal cell fate specification / adenohypophysis development / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation ...glial cell fate commitment / regulation of myofibroblast cell apoptotic process / Formation of the posterior neural plate / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG repress genes related to differentiation / Formation of the anterior neural plate / response to oxygen-glucose deprivation / endodermal cell fate specification / adenohypophysis development / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / pituitary gland development / Specification of the neural plate border / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / positive regulation of cell-cell adhesion / Transcriptional Regulation by MECP2 / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / neuronal stem cell population maintenance / Germ layer formation at gastrulation / eye development / tissue regeneration / response to growth factor / miRNA binding / negative regulation of neuron differentiation / forebrain development / inner ear development / somatic stem cell population maintenance / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / positive regulation of cell differentiation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / brain development / response to wounding / neuron differentiation / osteoblast differentiation / regulation of gene expression / chromatin organization / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of MAPK cascade / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor SOX / SOX transcription factor / : / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily ...Transcription factor SOX / SOX transcription factor / : / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor SOX-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsfewest violations, model 17
データ登録者Sahu, S.C. / Markley, J.L. / Tonelli, M. / Bahrami, A. / Eghbalnia, H.R. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the HMG box DNA-binding domain of human stem cell transcription factor Sox2
著者: Sahu, S. / Markley, J. / Tonelli, M. / Bahrami, A. / Eghbalnia, H.
履歴
登録2011年6月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor SOX-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9211
ポリマ－9,9211
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor SOX-2


分子量: 9920.610 Da / 分子数: 1 / 断片: HMG box DNA binding residues 39-118 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOX2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48431

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1313D 13C-separated NOESY (AROMATIC)

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試料調製

詳細内容: 0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Sox2, 7 % DTT, 95% H2O, 5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMSox2-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
7 %DTT-21
試料状態イオン強度: 100 mM / pH: 6.7 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian Inova / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: CNS / 開発者: Brunger A. T. et.al. / 分類: 精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT AND ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT. STRUCTURES ARE BASED ...詳細: AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT AND ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT. STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1766 NOE CONSTRAINTS ( 597 INTRA, 423 SEQUENTIAL, 224 MEDIUM and 522 LONG RANGE CONSTRAINTS) AND 197 PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS.
NMR constraintsNOE constraints total: 1183 / NOE intraresidue total count: 205 / NOE long range total count: 168 / NOE medium range total count: 458 / NOE sequential total count: 352
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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