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万見
- PDB-2le1: Solution NMR Structure of Tfu_2981 from Thermobifida fusca, North... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2le1
タイトルSolution NMR Structure of Tfu_2981 from Thermobifida fusca, Northeast Structural Genomics Consortium Target TfR85A
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) / PSI-Biology / Protein Structure Initiative
機能・相同性Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / SRPBCC family protein
機能・相同性情報
生物種Thermobifida fusca (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Pulavarti, S.V.S.R.K. / Eletsky, A. / Mills, J.L. / Sukumaran, D.K. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Hamilton, K. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. ...Pulavarti, S.V.S.R.K. / Eletsky, A. / Mills, J.L. / Sukumaran, D.K. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Hamilton, K. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Lee, H. / Prestegard, J.H. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of Tfu_2981 from Thermobifida fusca, Northeast Structural Genomics Consortium Target TfR85A
著者: Pulavarti, S.V.S.R.K. / Eletsky, A. / Mills, J.L. / Sukumaran, D.K. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Hamilton, K. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Lee, H. / Prestegard, J.H. ...著者: Pulavarti, S.V.S.R.K. / Eletsky, A. / Mills, J.L. / Sukumaran, D.K. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Hamilton, K. / Rost, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Lee, H. / Prestegard, J.H. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2011年6月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.32012年2月29日Group: Database references / Structure summary
改定 1.42012年8月15日Group: Structure summary
改定 1.52023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8811
ポリマ－16,8811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 16880.957 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 1-143 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (バクテリア) / 株: YX / 遺伝子: Tfu_2981 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q47KK8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C CT-HSQC
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D HNCO
1613D simutaneous 13C-aromatic,13C-aliphatic,15N edited 1H-1H NOESY
1713D HN(CA)CO
1813D (H)CCH-TOCSY
191(4,3)D GFT (H)CCH-COSY-aliphatic
1101(4,3)D GFT (H)CCH-COSY-aromatic
11112D 1H-13C CT-HSQC aromatic
11242D 1H-13C CT-HSQC methyl
11342D J-modulation 1H-15N HSQC
11422D J-modulation 1H-15N HSQC
11532D J-modulation 1H-15N HSQC
11612D 1H-15N LR-HSQC for Histidine
11713D HBHA(CO)NH
11812D (HB)CB(CGCDCE)HDHE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TfR85A, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 50 uM DSS, 5 mM calcium chloride, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.338 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] TfR85A, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 50 uM DSS, 5 mM calcium chloride, 0.02 % sodium azide, 12.5 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.338 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] TfR85A, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 50 uM DSS, 5 mM calcium chloride, 0.02 % sodium azide, 4 % PEG, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41.338 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] TfR85A, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 50 uM DSS, 5 mM calcium chloride, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 mMTfR85A-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMMES-21
100 mMsodium chloride-31
10 mMDTT-41
50 uMDSS-51
5 mMcalcium chloride-61
0.02 %sodium azide-71
1.338 mMTfR85A-8[U-5% 13C; U-100% 15N]2
20 mMMES-92
100 mMsodium chloride-102
10 mMDTT-112
50 uMDSS-122
5 mMcalcium chloride-132
0.02 %sodium azide-142
12.5 mg/mLPf1 phage-152
1.338 mMTfR85A-16[U-5% 13C; U-100% 15N]3
20 mMMES-173
100 mMsodium chloride-183
10 mMDTT-193
50 uMDSS-203
5 mMcalcium chloride-213
0.02 %sodium azide-223
4 %PEG-233
1.338 mMTfR85A-24[U-5% 13C; U-100% 15N]4
20 mMMES-254
100 mMsodium chloride-264
10 mMDTT-274
50 uMDSS-284
5 mMcalcium chloride-294
0.02 %sodium azide-304
試料状態イオン強度: 0.11 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Varian INOVAVarianINOVA7503
Varian INOVAVarianINOVA6004
Varian INOVAVarianINOVA5005

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readrefinemen,structure solution,geometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichrefinement, geometry optimization, solution structure
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelionedata analysis,refinement
AutoAssign2.3.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionedata analysis,chemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PROSA6.4Guntert解析
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
PSVSBhattacharya and Montelionestructure analysis
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
PALESPALES (Zweckstetter, Bax)geometry optimization
CARA1.8.4Keller and Wuthrichデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structure determination was performed by CYANA and AUTOSTRUCTURE in parallel using NOE-based constraints and PHI and PSI dihedral angle constraints. Consensus peak assignments generated from ...詳細: Structure determination was performed by CYANA and AUTOSTRUCTURE in parallel using NOE-based constraints and PHI and PSI dihedral angle constraints. Consensus peak assignments generated from these parallel runs were selected and used for further refinement with CYANA, the RDC constraints were added at later stages. A total of 20 conformers out of 100 conformers with the lowest target function were selected for refinement with CNS using CNS water bath refinement.
NMR constraintsNOE constraints total: 3877 / NOE intraresidue total count: 415 / NOE long range total count: 1678 / NOE medium range total count: 825 / NOE sequential total count: 959 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 70 / Protein psi angle constraints total count: 70
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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