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- PDB-2lcx: Spatial Structure of the ErbB4 dimeric TM domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lcx
タイトルSpatial Structure of the ErbB4 dimeric TM domain
要素Receptor tyrosine-protein kinase erbB-4
キーワードTRANSFERASE / tranmsembrane / helical dimer / dimerization / HER
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of planar polarity involved in nephron morphogenesis / ERBB4 signaling pathway / ERBB4-ERBB4 signaling pathway / olfactory bulb interneuron differentiation / central nervous system morphogenesis / neuregulin receptor activity / cardiac muscle tissue regeneration / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / GABA receptor binding ...establishment of planar polarity involved in nephron morphogenesis / ERBB4 signaling pathway / ERBB4-ERBB4 signaling pathway / olfactory bulb interneuron differentiation / central nervous system morphogenesis / neuregulin receptor activity / cardiac muscle tissue regeneration / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / GABA receptor binding / PI3K events in ERBB4 signaling / mammary gland epithelial cell differentiation / embryonic pattern specification / positive regulation of protein localization to cell surface / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / neural crest cell migration / epidermal growth factor receptor activity / epidermal growth factor receptor binding / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Signaling by ERBB4 / ERBB2 Regulates Cell Motility / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Long-term potentiation / PI3K events in ERBB2 signaling / SHC1 events in ERBB4 signaling / GABA-ergic synapse / mammary gland alveolus development / cell fate commitment / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / Signaling by ERBB2 / regulation of cell migration / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / synapse assembly / Downregulation of ERBB4 signaling / lactation / GRB2 events in ERBB2 signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / SHC1 events in ERBB2 signaling / neurogenesis / basal plasma membrane / postsynaptic density membrane / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / neuromuscular junction / Signaling by ERBB2 KD Mutants / receptor protein-tyrosine kinase / Downregulation of ERBB2 signaling / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / presynaptic membrane / nervous system development / heart development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / protein tyrosine kinase activity / Estrogen-dependent gene expression / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / mitochondrial matrix / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / glutamatergic synapse / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor tyrosine-protein kinase erbB-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Mineev, K.S. / Bocharov, E.V. / Arseniev, A.S.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2012
タイトル: Structural and thermodynamic insight into the process of "weak" dimerization of the ErbB4 transmembrane domain by solution NMR.
著者: Bocharov, E.V. / Mineev, K.S. / Goncharuk, M.V. / Arseniev, A.S.
履歴
登録2011年5月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22012年6月20日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-4
B: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5402
ポリマ－9,5402
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Receptor tyrosine-protein kinase erbB-4 / Proto-oncogene-like protein c-ErbB-4 / Tyrosine kinase-type cell surface receptor HER4 / p180erbB4 ...Proto-oncogene-like protein c-ErbB-4 / Tyrosine kinase-type cell surface receptor HER4 / p180erbB4 / ERBB4 intracellular domain / 4ICD / E4ICD / s80HER4


分子量: 4769.830 Da / 分子数: 2 / 断片: Transmembrane residues 642-685 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERBB4, HER4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15303, receptor protein-tyrosine kinase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CO)CA
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY aliphatic
1813D 1H-13C NOESY aromatic
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D 15N,13C-filtered, 13C-edited NOESY

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試料調製

詳細内容: 1 mM protein, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 15 mM [U-2H] DMPC, 67 mM [U-2H] DHPC 1 mM sodium azide, 2 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMprotein-11
1 mMprotein-2[U-100% 13C; U-100% 15N]1
15 mMDMPC-3[U-2H]1
67 mMDHPC-4[U-2H]1
1 mMsodium azide-51
2 mMEDTA-61
試料状態イオン強度: 22 / pH: 5.0 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CARA1.8.5Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.5Keller and Wuthrichcollection
CARA1.8.5Keller and Wuthrichデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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