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- PDB-2lcn: 1H and 15N assignments of WALP19-P10 peptide in SDS micelles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lcn
タイトル1H and 15N assignments of WALP19-P10 peptide in SDS micelles
要素WALP19-P10 peptide
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Proline distortion / Transmembrane
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Vostrikov, V.V. / Courtney, J.M. / Hinton, J.F. / Koeppe II, R.E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Comparison of Proline Substitutions at Positions 8 and 10 in WALP19
著者: Vostrikov, V.V. / Courtney, J.M. / Hinton, J.F. / Koeppe II, R.E.
履歴
登録2011年5月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WALP19-P10 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1631
ポリマ－2,1631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド WALP19-P10 peptide


分子量: 2162.618 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The author states that the sequence is synthetic, there is no natural source.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
2422D 1H-15N HSQC T1
2522D 1H-15N HSQC T2
2622D 1H-15N HSQC NOE
2732D 1H-15N HSQC T1
2832D 1H-15N HSQC T2
2932D 1H-15N HSQC NOE
21022D 1H-15N HSQC T1
21122D 1H-15N HSQC T2
21222D 1H-15N HSQC NOE
21332D 1H-15N HSQC T1
21432D 1H-15N HSQC T2
21532D 1H-15N HSQC NOE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
17.1 mM WALP19-P10, 465 mM [U-100% 2H] SDS, 3.4 % [U-100% 2H] TFE, 88.3 % H2O, 8.3 % D2O, 32 uM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
23.2 mM [U-100% 15N] amino acids labeled, WALP19-P10, 400 mM [U-100% 2H] SDS, 3.4 % [U-100% 2H] TFE, 88.3 % H2O, 8.3 % D2O, 32 uM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
33.2 mM [U-100% 15N] WALP19-P10, 400 mM [U-100% 2H] SDS, 3.4 % [U-100% 2H] TFE, 88.3 % H2O, 8.3 % D2O, 32 uM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
7.1 mMWALP19-P10-11
465 mMSDS-2[U-100% 2H]1
3.4 %TFE-3[U-100% 2H]1
88.3 %H2O-41
8.3 %D2O-51
32 uMpotassium phosphate-61
3.2 mMWALP19-P10-7[U-100% 15N]2
400 mMSDS-8[U-100% 2H]2
3.4 %TFE-9[U-100% 2H]2
88.3 %H2O-102
8.3 %D2O-112
32 uMpotassium phosphate-122
3.2 mMWALP19-P10-13[U-100% 15N]3
400 mMSDS-14[U-100% 2H]3
3.4 %TFE-15[U-100% 2H]3
88.3 %H2O-163
8.3 %D2O-173
32 uMpotassium phosphate-183
試料状態
Conditions-IDpH温度 (K)
16.0 328 K
26.0 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
Sparky3.114Goddardデータ解析
X-PLOR NIH2.24Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Cloregeometry optimization
X-PLOR NIH2.24Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
relax1.3.7Edward d'Auvergnemodel-free analysis
PSVS1.3Bhattacharya and Montelioneデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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