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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2lbq | ||||||||||||||||||||||
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タイトル | NMR structure of i6A37_tyrASL | ||||||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA / Tyrosyl-tRNA | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | Model details | closest to the average, model 1 | データ登録者 | Denmon, A.P. / Wang, J. / Nikonowicz, E.P. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011 | タイトル: Conformation Effects of Base Modification on the Anticodon Stem-Loop of Bacillus subtilis tRNA(Tyr). 著者: Denmon, A.P. / Wang, J. / Nikonowicz, E.P. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2lbq.cif.gz | 92.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2lbq.ent.gz | 75.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2lbq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/2lbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/2lbq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5512.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] i6A tyrASL, 10 mM potassium phosphate, 10 mM potassium chloride, 0.02 mM EDTA, 100% D2O 溶媒系: 100% D2O | ||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | |||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 8 |