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万見
- PDB-2lai: Hyaloperonospora arabidopsidis Effector Protein ATR13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lai
タイトルHyaloperonospora arabidopsidis Effector Protein ATR13
要素Avirulence protein ATR13
キーワードSIGNALING PROTEIN / nucleolar localization
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytoplasm / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avirulence protein ATR13 / Avirulence protein ATR13 / ATR13 superfamily / Avirulence protein ATR13, RxLR effector / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Avirulence protein ATR13
類似検索 - 構成要素
生物種Hyaloperonospora parasitica (真核生物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Leonelli, L. / Pelton, J.G. / Wemmer, D.E. / Staskawicz, B.J.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: Structural Elucidation and Functional Characterization of the Hyaloperonospora arabidopsidis Effector Protein ATR13.
著者: Leonelli, L. / Pelton, J. / Schoeffler, A. / Dahlbeck, D. / Berger, J. / Wemmer, D.E. / Staskawicz, B.
履歴
登録2011年3月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Avirulence protein ATR13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3061
ポリマ－11,3061
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Avirulence protein ATR13


分子量: 11305.883 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 54-154 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hyaloperonospora parasitica (真核生物)
遺伝子: Atr13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5G7K8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: ATR13 Chemical Shifts and Structure
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D HN(CA)CO
1623D 1H-15N NOESY
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D (H)CCH-COSY
11013D 1H-15N TOCSY
11113D H(CCO)NH
11213D C(CO)NH
11313D (H)CCH-COSY
11413D 1H-13C NOESY aliphatic
11523D HNHA
11632D 1H-13C HSQC
11742D IPAP
11822D 15N Heteronuclear NOE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ATR13, 20 mM potassium phosphate, 150 mM sodium chloride, 10 % [U-99% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-98% 15N] ATR13, 20 mM potassium phosphate, 150 mM sodium chloride, 10 % [U-99% 2H] D2O/90% H2O90% H2O/10% D2O
31 mM [U-10% 13C; U-99% 15N] ATR13, 20 mM potassium phosphate, 150 mM sodium chloride, 10 % [U-99% 2H] D2O/90% H2O90% H2O/10% D2O
41 mM [U-98% 15N] ATR13, 20 mM potassium phosphate, 150 mM sodium chloride, 10 % [U-99% 2H] D2O, 12 mg/ml Pf1 phage, 90% H2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMATR13-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMpotassium phosphate-21
150 mMsodium chloride-31
10 %D2O-4[U-99% 2H]1
1 mMATR13-5[U-98% 15N]2
20 mMpotassium phosphate-62
150 mMsodium chloride-72
10 %D2O-8[U-99% 2H]2
1 mMATR13-9[U-10% 13C; U-99% 15N]3
20 mMpotassium phosphate-103
150 mMsodium chloride-113
10 %D2O-12[U-99% 2H]3
1 mMATR13-13[U-98% 15N]4
20 mMpotassium phosphate-144
150 mMsodium chloride-154
10 %D2O-16[U-99% 2H]4
12 mg/mLPf1 phage-174
試料状態イオン強度: 210 / pH: 7.1 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker Avance IIBrukerAVANCE II9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARA1.8.4.2Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 448 / NOE intraresidue total count: 155 / NOE long range total count: 71 / NOE medium range total count: 80 / NOE sequential total count: 142
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum upper distance constraint violation: 0.5 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.025 Å / Distance rms dev error: 0.004 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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