[日本語] English
万見
- PDB-2l9z: Zinc knuckle in PRDM4 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l9z
タイトルZinc knuckle in PRDM4
要素PR domain zinc finger protein 4
キーワードTRANSCRIPTION / zinc-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / histone methyltransferase binding / histone methyltransferase complex / cell fate commitment / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / methylation / transcription by RNA polymerase II ...p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / histone methyltransferase binding / histone methyltransferase complex / cell fate commitment / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / methylation / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PR-domain zinc finger protein PRDM4 / PRDM4, zinc knuckle motif / PRDM4, PR/SET domain / PR zinc knuckle motif / : / PR domain zinc finger protein 2, PR domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, C2H2 type ...PR-domain zinc finger protein PRDM4 / PRDM4, zinc knuckle motif / PRDM4, PR/SET domain / PR zinc knuckle motif / : / PR domain zinc finger protein 2, PR domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
PR domain zinc finger protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Briknarova, K. / Atwater, D.Z. / Glicken, J.M. / Maynard, S.J. / Ness, T.E.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: The PR/SET domain in PRDM4 is preceded by a zinc knuckle.
著者: Briknarova, K. / Atwater, D.Z. / Glicken, J.M. / Maynard, S.J. / Ness, T.E.
履歴
登録2011年2月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PR domain zinc finger protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3822
ポリマ－4,3171
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド PR domain zinc finger protein 4 / PR domain-containing protein 4


分子量: 4316.885 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 366-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDM4, PFM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9UKN5
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
142ECOSY
1532D 1H-15N HSQC
1633D HNHA
1733D HNHB
1833D 1H-15N TOCSY
1933D 1H-15N NOESY
11032D 1H-15N HMQC

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM PRDM4(366-402), 2.5 mM ZINC ION, 50 mM D11-Tris, 2.5 mM D16-TCEP, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM PRDM4(366-402), 2.5 mM ZINC ION, 50 mM D11-Tris, 2.5 mM D16-TCEP, 100% D2O100% D2O
30.25 mM [U-100% 15N] PRDM4(366-402), 1.6 mM ZINC ION, 50 mM D11-Tris, 2.5 mM D16-TCEP, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMPRDM4(366-402)-11
2.5 mMZINC ION-21
0.5 mMPRDM4(366-402)-32
2.5 mMZINC ION-42
0.25 mMPRDM4(366-402)-5[U-100% 15N]3
1.6 mMZINC ION-63
試料状態イオン強度: 0 / pH: 7.1-7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian Uniform NMR System / 製造業者: Varian / モデル: Uniform NMR System / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJVariancollection
FelixFelix NMR Inc.解析
FelixFelix NMR Inc.chemical shift assignment
FelixFelix NMR Inc.データ解析
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsProtein chi angle constraints total count: 9 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 14 / Protein psi angle constraints total count: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る