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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2l9d
タイトル
Solution structure of the protein YP_546394.1, the first structural representative of the pfam family PF12112
要素
Uncharacterized protein
キーワード
Structural genomics / Unknown function / PG9854E / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG
機能・相同性
Uncharacterised protein PF12112 family, DUF3579 / Protein of unknown function DUF3579 / Protein of unknown function (DUF3579) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein
内容: 1.2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] YP_546394.1, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 4.5 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)
構成要素
Isotopic labeling
Solution-ID
1.2mM
YP_546394.1-1
[U-98% 13C; U-98% 15N]
1
20mM
sodium phosphate-2
1
50mM
sodium chloride-3
1
4.5mM
sodium azide-4
1
試料状態
イオン強度: 0.113 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ
製造業者
モデル
磁場強度 (MHz)
Spectrometer-ID
Bruker Avance
Bruker
AVANCE
600
1
Bruker Avance
Bruker
AVANCE
800
2
Bruker Avance
Bruker
AVANCE
600
3
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
CYANA
3
GuntertP.
structurecalculation
UNIO
2.0.0
HerrmannandWuthrich
chemicalshiftassignment
UNIO
2.0.0
HerrmannandWuthrich
peakpicking
UNIO
2.0.0
HerrmannandWuthrich
noeassignment
UNIO
2.0.0
HerrmannandWuthrich
構造決定
CARA
1.5.3
KellerandWuthrich
chemicalshiftassignment
TopSpin
1.3
BrukerBiospin
データ収集
TopSpin
1.3
BrukerBiospin
解析
OPALp
1.2
Koradi,BilleterandGuntert
energyrefinement
OPALp
精密化
精密化
手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: energy refinement
NMR constraints
NOE constraints total: 2416 / NOE intraresidue total count: 535 / NOE long range total count: 661 / NOE medium range total count: 547 / NOE sequential total count: 673
代表構造
選択基準: closest to the average
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20