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万見
- PDB-2l9d: Solution structure of the protein YP_546394.1, the first structur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l9d
タイトルSolution structure of the protein YP_546394.1, the first structural representative of the pfam family PF12112
要素Uncharacterized protein
キーワードStructural genomics / Unknown function / PG9854E / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG
機能・相同性Uncharacterised protein PF12112 family, DUF3579 / Protein of unknown function DUF3579 / Protein of unknown function (DUF3579) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Methylobacillus flagellatus (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Mohanty, B. / Serrano, P. / Geralt, M. / Horst, R. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the protein YP_546394.1, the first structural representative of the pfam family PF12112
著者: Mohanty, B. / Serrano, P. / Geralt, M. / Horst, R. / Wuthrich, K.
履歴
登録2011年2月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月3日Group: Structure summary
改定 1.32023年2月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0351
ポリマ－12,0351
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 12034.706 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacillus flagellatus (バクテリア)
株: KT / ATCC 51484 / DSM 6875 / 遺伝子: Mfla_2286 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1GYY4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1314D APSY - HACANH
1415D APSY - (HA)CA(CO)NH
1515D APSY - CBCA(CO)NH
16115N resolved [1H,1H]-NOESY
17113Cali resolved [1H,1H]-NOESY
18113Caro resolved [1H,1H]-NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] YP_546394.1, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 4.5 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMYP_546394.1-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
4.5 mMsodium azide-41
試料状態イオン強度: 0.113 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert P.structure calculation
UNIO2.0.0Herrmann and Wuthrichchemical shift assignment
UNIO2.0.0Herrmann and Wuthrichpeak picking
UNIO2.0.0Herrmann and Wuthrichnoe assignment
UNIO2.0.0Herrmann and Wuthrich構造決定
CARA1.5.3Keller and Wuthrichchemical shift assignment
TopSpin1.3Bruker Biospinデータ収集
TopSpin1.3Bruker Biospin解析
OPALp1.2Koradi,Billeter and Guntertenergy refinement
OPALp精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: energy refinement
NMR constraintsNOE constraints total: 2416 / NOE intraresidue total count: 535 / NOE long range total count: 661 / NOE medium range total count: 547 / NOE sequential total count: 673
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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