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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2l90 | ||||||
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タイトル | Solution structure of murine myristoylated msrA | ||||||
要素 | Peptide methionine sulfoxide reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Protein repair / L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / actin cytoskeleton / cellular response to oxidative stress / midbody / mitochondrion / nucleoplasm / plasma membrane ...Protein repair / L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / actin cytoskeleton / cellular response to oxidative stress / midbody / mitochondrion / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | minimized average, model 1 | ||||||
Model type details | minimized average | ||||||
データ登録者 | Gruschus, J.M. / Lim, J. / Piszczek, G. / Levine, R.L. / Tjandra, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Characterization and solution structure of mouse myristoylated methionine sulfoxide reductase A. 著者: Lim, J.C. / Gruschus, J.M. / Ghesquiere, B. / Kim, G. / Piszczek, G. / Tjandra, N. / Levine, R.L. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: A Low pKa cysteine at the active site of mouse methionine sulfoxide reductase A. 著者: Lim, J.C. / Gruschus, J.M. / Kim, G. / Berlett, B.S. / Tjandra, N. / Levine, R.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2l90.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2l90.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2l90.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/2l90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/2l90 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23679.570 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 22-233 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Msra / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9D6Y7, peptide-methionine (S)-S-oxide reductase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MYR / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.3 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] msrA, 5 mM DTT, 50 mM TRIS, 5 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 300 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: The authors state that the distortion around Cys206 CA in model 1 is a manifestation of the averaging, reflecting that local flexibility often cannot be accurately represented as a single structure. | |||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | |||||||||
NMRアンサンブル | 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 21 |