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万見
- PDB-2l89: Solution structure of Pdp1 PWWP domain reveals its unique binding... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l89
タイトルSolution structure of Pdp1 PWWP domain reveals its unique binding sites for methylated H4K20 and DNA
要素PWWP domain-containing protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / Histone binding
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4K20me3 reader activity / NuA3 histone acetyltransferase complex / : / double-stranded DNA binding / histone binding / chromatin remodeling / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
IOC4-like, PWWP domain / SH3 type barrels. - #140 / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PWWP domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the averagec, model 1
データ登録者Qiu, Y. / Zhang, J. / Zhang, W.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Solution structure of Pdp1 PWWP domain reveals its unique binding sites for methylated H4K20 and DNA
著者: Qiu, Y. / Zhang, W. / Zhao, C. / Wang, Y. / Wang, W. / Zhang, J. / Zhang, Z. / Li, G. / Shi, Y. / Tu, X. / Wu, J.
履歴
登録2011年1月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PWWP domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4451
ポリマ－12,4451
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the averagec

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要素

#1: タンパク質 PWWP domain-containing protein 1 / Set9-associated factor pdp1


分子量: 12445.119 Da / 分子数: 1 / 断片: PWWP domain, residues 45-152 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O59676

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D C(CO)NH
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CA)CB
1713D HBHA(CO)NH
1813D HN(CO)CA
1913D H(CCO)NH
11013D 1H-15N NOESY
11123D (H)CCH-TOCSY
11223D (H)CCH-COSY
11323D 1H-13C NOESY
11422D 1H-1H TOCSY
11522D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120mM sodium phosphate-1; 100mM sodium chloride-2; 2mM EDTA-3; 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
220mM sodium phosphate-4; 100mM sodium chloride-5; 2mM EDTA-6; 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
20 mMsodium phosphate-11
100 mMsodium chloride-21
2 mMEDTA-31
20 mMsodium phosphate-42
100 mMsodium chloride-52
2 mMEDTA-62
試料状態イオン強度: 0.14 / pH: 4.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: CNS / 開発者: Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the averagec
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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