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- PDB-2l7s: Determination of the three-dimensional structure of adrenomedulli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l7s
タイトルDetermination of the three-dimensional structure of adrenomedullin, a first step towards the analysis of its interactions with receptors and small molecules
要素Adrenomedullin
キーワードHORMONE / pre-pro-adrenomedullin
機能・相同性
機能・相同性情報


adrenomedullin receptor binding / positive regulation of progesterone biosynthetic process / neuron projection regeneration / vascular associated smooth muscle cell development / adrenomedullin receptor signaling pathway / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of vasculogenesis / Calcitonin-like ligand receptors / response to ether ...adrenomedullin receptor binding / positive regulation of progesterone biosynthetic process / neuron projection regeneration / vascular associated smooth muscle cell development / adrenomedullin receptor signaling pathway / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of vasculogenesis / Calcitonin-like ligand receptors / response to ether / regulation of the force of heart contraction / regulation of urine volume / G protein-coupled receptor internalization / negative regulation of vascular permeability / negative regulation of vasoconstriction / response to starvation / odontogenesis of dentin-containing tooth / androgen metabolic process / developmental growth / animal organ regeneration / vasculogenesis / positive regulation of heart rate / response to glucocorticoid / female pregnancy / response to insulin / neural tube closure / hormone activity / receptor internalization / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / cellular response to xenobiotic stimulus / heart development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / secretory granule lumen / G alpha (s) signalling events / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / cell population proliferation / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pro-adrenomedullin / : / Calcitonin/adrenomedullin / Calcitonin / CGRP / IAPP family
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-adrenomedullin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Jimenez-Barbero, J. / Perez-Castells, J. / Nieto, L.
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2012
タイトル: Structure of micelle-bound adrenomedullin: a first step toward the analysis of its interactions with receptors and small molecules.
著者: Perez-Castells, J. / Martin-Santamaria, S. / Nieto, L. / Ramos, A. / Martinez, A. / Pascual-Teresa, B. / Jimenez-Barbero, J.
履歴
登録2010年12月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月18日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adrenomedullin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0391
ポリマ－6,0391
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Adrenomedullin / ADM / AM


分子量: 6038.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADM, AM / 参照: UniProt: P35318
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.33 mM AM, 20 mM sodium phosphate, 23 mM [U-2H] SDS, 90 % H2O, 10 % [U-99% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.33 mMAM-11
20 mMsodium phosphate-21
23 mMSDS-3[U-2H]1
90 %H2O-41
10 %D2O-5[U-99% 2H]1
試料状態イオン強度: 0 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
Amber8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
Amber8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmenergy minimization
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Energy minimization
NMR constraintsNOE constraints total: 2338 / NOE intraresidue total count: 957 / NOE long range total count: 27 / NOE medium range total count: 235 / NOE sequential total count: 695
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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