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万見
- PDB-2l7f: Solution Structure of the Pitx2 Homeodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l7f
タイトルSolution Structure of the Pitx2 Homeodomain
要素Pituitary homeobox 2
キーワードTRANSCRIPTION / Pitx2 / Homeodomain / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


deltoid tuberosity development / prolactin secreting cell differentiation / somatotropin secreting cell differentiation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of other transcription factors / embryonic heart tube left/right pattern formation / iris morphogenesis / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / left/right axis specification / hair cell differentiation / camera-type eye development ...deltoid tuberosity development / prolactin secreting cell differentiation / somatotropin secreting cell differentiation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of other transcription factors / embryonic heart tube left/right pattern formation / iris morphogenesis / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / left/right axis specification / hair cell differentiation / camera-type eye development / determination of left/right symmetry / odontogenesis / outflow tract morphogenesis / anatomical structure morphogenesis / ribonucleoprotein complex binding / spleen development / phosphoprotein binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homeobox protein Pitx/unc30 / OAR domain / OAR motif / OAR domain profile. / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain ...Homeobox protein Pitx/unc30 / OAR domain / OAR motif / OAR domain profile. / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pituitary homeobox 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsminimized average, model 7
データ登録者Doerdelmann, T. / Rance, M. / Baird-Titus, J.M. / Kojetin, D.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of the Pitx2 Homeodomain
著者: Doerdelmann, T. / Rance, M. / Baird-Titus, J.M. / Kojetin, D.J.
履歴
登録2010年12月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: Pituitary homeobox 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4871
ポリマ－8,4871
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20Lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average

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要素

#1: タンパク質 Pituitary homeobox 2 / ALL1-responsive protein ARP1 Homeobox protein PITX2 / Paired-like homeodomain transcription factor ...ALL1-responsive protein ARP1 Homeobox protein PITX2 / Paired-like homeodomain transcription factor 2 / RIEG bicoid-related homeobox transcription factor / Solurshin


分子量: 8486.523 Da / 分子数: 1 / 断片: Homeobox domain residues 85-144 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PITX2, ARP1, RGS, RIEG, RIEG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q99697
配列の詳細THE C-TERMINAL 6 AMINO ACIDS (EFIVTD) ARE ADDED FOR PROTEIN STABILITY PURPOSES.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aromatic
1312D 1H-13C HSQC aliphatic
1413D 1H-15N NOESY
1513D 1H-13C NOESY
1613D HN(CA)CB
1713D HNCA
1813D H(CCO)NH
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D HN(COCA)CB

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試料調製

詳細内容: 10 mM sodium phosphate, 150 mM sodium sulphate, 1 mM EDTA, 2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Pitx2 Homeodomain, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMsodium phosphate-11
150 mMsodium sulphate-21
1 mMEDTA-31
2 mMPitx2 Homeodomain-4[U-98% 13C; U-98% 15N]1
試料状態イオン強度: 150 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA5003
Varian INOVAVarianINOVA4004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Zhengrong and Bax解析
Amber11Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 871 / NOE intraresidue total count: 253 / NOE long range total count: 126 / NOE medium range total count: 263 / NOE sequential total count: 229
代表構造選択基準: minimized average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Lowest energy / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.093 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0 Å / Distance rms dev error: 0 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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