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万見
- PDB-2l6x: Solution NMR Structure of Proteorhodopsin. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l6x
タイトルSolution NMR Structure of Proteorhodopsin.
要素Green-light absorbing proteorhodopsin
キーワードPROTON TRANSPORT (プロトンポンプ) / proteorhodopsin / membrane protein structure (生体膜) / cell-free expression / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI:Biology / Protein Structure Initiative / Membrane Protein Structures by Solution NMR (生体膜) / MPSbyNMR
機能・相同性
機能・相同性情報


light-activated monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Proteorhodopsin / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
レチナール / Green-light absorbing proteorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured marine gamma proteobacterium EBAC31A08 (環境試料)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Reckel, S. / Gottstein, D. / Stehle, J. / Loehr, F. / Takeda, M. / Silvers, R. / Kainosho, M. / Glaubitz, C. / Bernhard, F. / Schwalbe, H. ...Reckel, S. / Gottstein, D. / Stehle, J. / Loehr, F. / Takeda, M. / Silvers, R. / Kainosho, M. / Glaubitz, C. / Bernhard, F. / Schwalbe, H. / Guntert, P. / Doetsch, V. / Membrane Protein Structures by Solution NMR (MPSbyNMR)
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2011
タイトル: Solution NMR structure of proteorhodopsin.
著者: Reckel, S. / Gottstein, D. / Stehle, J. / Lohr, F. / Verhoefen, M.K. / Takeda, M. / Silvers, R. / Kainosho, M. / Glaubitz, C. / Wachtveitl, J. / Bernhard, F. / Schwalbe, H. / Guntert, P. / Dotsch, V.
履歴
登録2010年11月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22012年4月11日Group: Other
改定 1.32015年6月17日Group: Non-polymer description
改定 1.42020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green-light absorbing proteorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0092
ポリマ－26,7251
非ポリマー2841
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Green-light absorbing proteorhodopsin / GPR


分子量: 26724.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) uncultured marine gamma proteobacterium EBAC31A08 (環境試料)
株: EBAC31A08 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F7P4
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1323D HNCA
1423D HN(CA)CB
1523D HNCO
1613D HCACO
1733D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1300 uM [U-13C; U-15N] proteorhodopsin, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2300 uM [U-13C; U-15N; U-2H] proteorhodopsin, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
3300 uM [U-15N; U-2H] proteorhodopsin, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMproteorhodopsin-1[U-13C; U-15N]1
300 uMproteorhodopsin-2[U-13C; U-15N; U-2H]2
300 uMproteorhodopsin-3[U-15N; U-2H]3
試料状態イオン強度: 0.025 / pH: 5 / 圧: AMBIENT / 温度: 323 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9504

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospinデータ解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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