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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2l6c | ||||||
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タイトル | Solution structure of desulfothioredoxin from Desulfovibrio vulgaris Hildenborough in its oxidized form | ||||||
要素 | Thioredoxin | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / thioredoxin fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Garcin, E.B. / Bornet, O. / Sebban-Kreuzer, C. / Guerlesquin, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Structural and mechanistic insights into unusual thiol disulfide oxidoreductase. 著者: Garcin, E.B. / Bornet, O. / Elantak, L. / Vita, N. / Pieulle, L. / Guerlesquin, F. / Sebban-Kreuzer, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2l6c.cif.gz | 580.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2l6c.ent.gz | 502 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2l6c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/2l6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/2l6c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12384.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア) 株: Hildenborough / ATCC 29579 / NCIMB 8303 / 遺伝子: DVU378, DVU_0378 / プラスミド: pJF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72F37 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] oxidized desulfothioredoxin, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 1 mM / 構成要素: oxidized desulfothioredoxin / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N] |
試料状態 | イオン強度: 0.1 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 290 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |