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- PDB-2l6a: Three-dimensional structure of the N-terminal effector PYRIN doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l6a
タイトルThree-dimensional structure of the N-terminal effector PYRIN domain of NLRP12
要素NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 12
キーワードSIGNALING PROTEIN / NLRP12 / PYRIN / death domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-18 production / negative regulation of Toll signaling pathway / positive regulation of MHC class I biosynthetic process / dendritic cell migration / negative regulation of interleukin-1 production / cysteine-type endopeptidase activator activity / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cytokine production / cellular response to cytokine stimulus ...regulation of interleukin-18 production / negative regulation of Toll signaling pathway / positive regulation of MHC class I biosynthetic process / dendritic cell migration / negative regulation of interleukin-1 production / cysteine-type endopeptidase activator activity / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cytokine production / cellular response to cytokine stimulus / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of signal transduction / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / regulation of inflammatory response / protein-macromolecule adaptor activity / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / signal transduction / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NACHT-associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / NACHT nucleoside triphosphatase ...NACHT-associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / DAPIN domain profile. / NACHT-NTPase domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Pinheiro, A.S. / Peti, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The NLRP12 pyrin domain: structure, dynamics, and functional insights.
著者: Pinheiro, A.S. / Eibl, C. / Ekman-Vural, Z. / Schwarzenbacher, R. / Peti, W.
履歴
登録2010年11月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7211
ポリマ－11,7211
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 12 / Monarch-1 / PYRIN-containing APAF1-like protein 7 / Regulated by nitric oxide


分子量: 11721.418 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-98 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP12, NALP12, PYPAF7, RNO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)-RIL / 参照: UniProt: P59046

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1323D HNCA
1423D HN(CA)CB
1523D CBCA(CO)NH
1623D HNCO
1723D HN(CA)CO
1823D HBHA(CO)NH
1923D C(CO)NH
11023D (H)CCH-TOCSY
11113D 1H-15N NOESY
11223D 1H-13C NOESY
11332D 1H-1H NOESY
11432D 1H-1H TOCSY
11532D 1H-1H COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1600 uM [U-99% 15N] NLRP12 PYD-1, 20 mM sodium phosphate-2, 500 mM sodium chloride-3, 0.5 mM TCEP-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2600 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] NLRP12 PYD-5, 20 mM sodium phosphate-6, 500 mM sodium chloride-7, 0.5 mM TCEP-8, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
3600 uM NLRP12 PYD-9, 20 mM sodium phosphate-10, 500 mM sodium chloride-11, 0.5 mM TCEP-12, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
600 uMNLRP12 PYD-1[U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
500 mMsodium chloride-31
0.5 mMTCEP-41
600 uMNLRP12 PYD-5[U-99% 13C; U-99% 15N]2
20 mMsodium phosphate-62
500 mMsodium chloride-72
0.5 mMTCEP-82
600 uMNLRP12 PYD-93
20 mMsodium phosphate-103
500 mMsodium chloride-113
0.5 mMTCEP-123
試料状態イオン強度: 0.5 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Refinement was done in explicit solvent using CNS and the RECOORD script package.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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