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万見
- PDB-2l56: NMR structure of the GCN4 trigger peptide refined using biased mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l56
タイトルNMR structure of the GCN4 trigger peptide refined using biased molecular dynamics simulations
要素General control protein GCN4
キーワードTRANSCRIPTION / GCN4 / COILED-COIL / TRIGGER PEPTIDE / MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsoccurrence frequencies, model 1
データ登録者Missimer, J.H. / Dolenc, J. / Steinmetz, M.O. / van Gunsteren, W.F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Molecular basis of coiled-coil formation
著者: Steinmetz, M.O. / Jelesarov, I. / Matousek, W.M. / Honnappa, S. / Jahnke, W. / Missimer, J.H. / Frank, S. / Alexandrescu, A.T. / Kammerer, R.A.
履歴
登録2010年10月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月26日Group: Other
Remark 0THIS ENTRY 2L56 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (2OVN.MR) ...THIS ENTRY 2L56 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (2OVN.MR) DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 2OVN: M.O.STEINMETZ,I.JELESAROV,W.M.MATOUSEK,S.HONNAPPA,W.JAHNKE,J.H.MISSIMER,S.FRANK,A.T.ALEXANDRESCU,R.A.KAMMERER. HYDROGEN BOND DISTANCE RESTRAINTS IN 2OVN.MR WERE NOT USED IN THE NEW REFINEMENT PROCEDURE BECAUSE THEY ARE NOT BASED ON THE EXPERIMENTAL NMR DATA.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General control protein GCN4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9111
ポリマ－1,9111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20000conformational cluster analysis
代表モデルモデル #1occurrence frequencies

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要素

#1: タンパク質・ペプチド General control protein GCN4


分子量: 1911.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: FMOC synthesis

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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解析

NMR software名称: GROMOS / バージョン: 53A6 FORCE FIELD / 開発者: van Gunsteren and Berendsen / 分類: 精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: molecular dynamics simulation with time-averaged NOE distance restraining and local elevation biased 3J-value restraining using 179 NOE distances and 15 3J-coupling constants; the 10 ...詳細: molecular dynamics simulation with time-averaged NOE distance restraining and local elevation biased 3J-value restraining using 179 NOE distances and 15 3J-coupling constants; the 10 deposited structures were selected from a set of 20000 trajectory configurations by conformational cluster analysis; the occurrence frequencies of the clusters that correspond to the deposited model structures are the following: cluster 1 32% cluster 2 14% cluster 3 6% cluster 4 6% cluster 5 6% cluster 6 3% cluster 7 3% cluster 8 2% cluster 9 2% cluster 10 2%. Authors state that The deviations of the deposited trajectory structures from the so-called "ideal" values for geometrical and stereochemical quantities are partially due to the biasing force derived from the NOE distance bounds and 3J-coupling constants, and partially due to the finite temperature (278K) of the simulations. The ideal geometric and stereochemical values of the GROMOS force field are close to those of Engh and Huber.
代表構造選択基準: occurrence frequencies
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: conformational cluster analysis
計算したコンフォーマーの数: 20000 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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