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万見
- PDB-2l4f: NMR structure of the UBA domain of S. cerevisiae Dcn1 bound to ub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l4f
タイトルNMR structure of the UBA domain of S. cerevisiae Dcn1 bound to ubiquitin
要素Defective in cullin neddylation protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / UBA / ubiquitin binding / neddylation
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-like protein binding / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / cullin family protein binding / ubiquitin ligase complex / protein-macromolecule adaptor activity
類似検索 - 分子機能
Potentiating neddylation domain / Defective-in-cullin neddylation protein / DCN1-like, PONY binding domain / Cullin binding / DCUN1 domain profile. / UBA-like domain / Ubiquitin-associated (UBA) domain / UBA-like superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Defective in cullin neddylation protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Burschowsky, D. / Mattle, D. / Rudolf, F. / Peter, M. / Wider, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural analysis of the ubiquitin-associated domain (UBA) of yeast Dcn1 in complex with ubiquitin
著者: Burschowsky, D. / Rudolf, F. / Mattle, D. / Peter, M. / Wider, G.
履歴
登録2010年10月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Defective in cullin neddylation protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9251
ポリマ－6,9251
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Defective in cullin neddylation protein 1


分子量: 6924.632 Da / 分子数: 1 / 断片: UBA domain (UNP residues 6-62) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DCN1, DCN1 YLR128W, L3111, YLR128W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Star / 参照: UniProt: Q12395

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D (H)CCH-COSY
1213D HNCA
1313D 1H-13C NOESY
1413D 1H-13Caro NOESY
1523D 1H-15N TOCSY
1623D HNHB
1723D 1H-15N NOESY
NMR実験の詳細Text: Ubiquitin present in the samples was unlabeled

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM [U-80% 13C; U-90% 15N] Dcn1-UBA, 15 mM sodium chloride, 110 mM potassium phosphate, 2 mM DTT, 2 mM CHAPS, 0.02 % sodium azide, 25 mM sodium chloride, 3.2 mM ubiquitin, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5 mM [U-90% 15N] Dcn1-UBA, 15 mM sodium phosphate, 110 mM potassium phosphate, 2 mM DTT, 2 mM CHAPS, 0.02 % sodium azide, 25 mM sodium chloride, 2 mM ubiquitin, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMDcn1-UBA-1[U-80% 13C; U-90% 15N]1
15 mMsodium chloride-21
110 mMpotassium phosphate-31
2 mMDTT-41
2 mMCHAPS-51
0.02 %sodium azide-61
25 mMsodium chloride-71
3.2 mMubiquitin-81
0.5 mMDcn1-UBA-9[U-90% 15N]2
15 mMsodium phosphate-102
110 mMpotassium phosphate-112
2 mMDTT-122
2 mMCHAPS-132
0.02 %sodium azide-142
25 mMsodium chloride-152
2 mMubiquitin-162
試料状態イオン強度: 182 / pH: 6.15 / 圧: ambient / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7502
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Unio081.0.4Herrmannchemical shift assignment
Unio081.0.4Herrmannpeak picking
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TopSpin2Bruker Biospin解析
CARA1.8.4Kellerデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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