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万見
- PDB-2l4a: NMR structure of the DNA-binding domain of E.coli Lrp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l4a
タイトルNMR structure of the DNA-binding domain of E.coli Lrp
要素Leucine responsive regulatory protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine catabolic process / response to L-leucine / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, AsnC-type, conserved site / AsnC-type HTH domain signature. / AsnC-type HTH domain profile. / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / ArsR-like helix-turn-helix domain ...Transcription regulator HTH, AsnC-type, conserved site / AsnC-type HTH domain signature. / AsnC-type HTH domain profile. / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / ArsR-like helix-turn-helix domain / Dimeric alpha-beta barrel / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Leucine-responsive regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
Model detailsminimized average, model 1
データ登録者Kawamura, T. / Zhou, H. / Dahlquist, F.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The design involved in PapI and Lrp regulation of the pap operon.
著者: Kawamura, T. / Vartanian, A.S. / Zhou, H. / Dahlquist, F.W.
履歴
登録2010年10月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月24日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine responsive regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6221
ポリマ－7,6221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)26 / 100minimized average structure and 25 structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average

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要素

#1: タンパク質 Leucine responsive regulatory protein


分子量: 7621.809 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1-66 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: lrp / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5CYP4, UniProt: P0ACJ0*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: 25 calculated results and the averaged/minimized structure
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D HN(CA)CB
1714D 15N-13C edited NOESY
2824D 13C-131C edited NOESY
3932D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Lrp DNA-binding domain, 50 mM potassium phosphate, 5 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
22 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Lrp DNA-binding domian, 50 mM potassium phosphate, 2 mM DTT, 100% D2O100% D2O
380-150 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Lrp DNA-biinding domain, 30 mM potassium phosphate, 2 mM beta-mercaptoethanol, 20 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
2 mMLrp DNA-binding domain-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMpotassium phosphate-21
5 mMbeta-mercaptoethanol-31
2 mMLrp DNA-binding domian-4[U-99% 13C; U-99% 15N]2
50 mMpotassium phosphate-52
2 mMDTT-62
uMLrp DNA-biinding domain-7[U-99% 13C; U-99% 15N]80-1503
30 mMpotassium phosphate-83
2 mMbeta-mercaptoethanol-93
20 mMpotassium chloride-103
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.05 6.5 ambient 298 K
20.05 6.5 ambient 298 K
30.05 6.5 ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ANSIG3.3Kraulischemical shift assignment
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
X-PLORBrunger構造決定
X-PLORBrunger精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: minimized average structure and 25 structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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