[日本語] English
万見
- PDB-2l3u: Solution Structure of Domain IV from the YbbR family protein of D... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l3u
タイトルSolution Structure of Domain IV from the YbbR family protein of Desulfitobacterium hafniense: Northeast Structural Genomics Consortium target DhR29A
要素YbbR family protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / beta strand / figure eight / figure 8 / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 - #30 / YbbR-like / YbbR-like protein / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Beta Complex / Mainly Beta / YbbR family protein
機能・相同性情報
生物種Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Barb, A.W. / Lee, H. / Belote, R.L. / Ciccosanti, C. / Hamilton, K. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Structures of domains I and IV from YbbR are representative of a widely distributed protein family.
著者: Barb, A.W. / Cort, J.R. / Seetharaman, J. / Lew, S. / Lee, H.W. / Acton, T. / Xiao, R. / Kennedy, M.A. / Tong, L. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H.
履歴
登録2010年9月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年10月6日ID: 2KPS
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: YbbR family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2691
ポリマ－11,2691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #1fewest violations

-
要素

#1: タンパク質 YbbR family protein


分子量: 11269.006 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 321-409 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
株: DCB-2 / DSM 10664 / 遺伝子: Dhaf_0833 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8FX10

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D HN(CO)CA
1413D H(CCO)NH
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY
1813D HNCO
1922D 1H-15N HSQC
11023D HNCO
11132D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DhR29a, 200 mM sodium chloride, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-13C] DhR29a, 10 % D2O, 200 mM sodium chloride, 1 mg Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM DhR29a, 200 mM sodium chloride, 10 % D2O, 7 % acrylamide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMDhR29a-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
200 mMsodium chloride-21
10 %D2O-31
1 mMDhR29a-4[U-13C]2
10 %D2O-52
200 mMsodium chloride-62
1 mg/mLPf1 phage-72
1 mMDhR29a-83
200 mMsodium chloride-93
10 %D2O-103
7 %acrylamide-113
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称開発者分類
VnmrJVariancollection
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: refinement completed using XPLOR-NIH and 3 RDC datasets, NOE list, and dihedral angle constraints
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る