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万見
- PDB-2l3o: Solution structure of murine interleukin 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l3o
タイトルSolution structure of murine interleukin 3
要素Interleukin 3
キーワードCYTOKINE / Murine Interleukin-3
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-3 receptor binding / positive regulation of myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / negative regulation of mast cell apoptotic process / myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of mast cell proliferation / myeloid cell apoptotic process / mast cell apoptotic process / Interleukin receptor SHC signaling / RAF/MAP kinase cascade ...interleukin-3 receptor binding / positive regulation of myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / negative regulation of mast cell apoptotic process / myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of mast cell proliferation / myeloid cell apoptotic process / mast cell apoptotic process / Interleukin receptor SHC signaling / RAF/MAP kinase cascade / mast cell proliferation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / B cell apoptotic process / interleukin-3-mediated signaling pathway / regulation of glycolytic process / negative regulation of B cell apoptotic process / B cell proliferation / monocyte differentiation / T cell proliferation / hematopoietic progenitor cell differentiation / JNK cascade / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of autophagy / cytokine activity / positive regulation of JNK cascade / growth factor activity / regulation of cell growth / cytokine-mediated signaling pathway / regulation of gene expression / response to hypoxia / cell population proliferation / immune response / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Interleukin-3 / Interleukin-3 / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-3 / Interleukin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Yao, S. / Young, I.G. / Norton, R.S. / Murphy, J.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Murine interleukin-3: structure, dynamics, and conformational heterogeneity in solution.
著者: Yao, S. / Young, I.G. / Norton, R.S. / Murphy, J.M.
履歴
登録2010年9月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3071
ポリマ－14,3071
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200on the basis of stereochemistry and energy considerations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Interleukin 3


分子量: 14307.247 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 33-156 / 変異: C105A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il3, mCG_13767, mIL-3, RP23-309E16.5-001 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: Q5SX77, UniProt: P01586*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-15N HSQC
1312D 1H-15N HSQC
1413D 1H-15N NOESY
1522D 1H-15N HSQC
1622D 1H-13C HSQC
1723D HNCO
1823D HNCA
1923D HN(CO)CA
11023D CBCA(CO)NH
11123D HN(CA)CB
11223D (H)CCH-TOCSY
11323D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.15 mM [U-100% 15N] mIL-3-1, 20 mM potassium phosphate-2, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] mIL-3-3, 20 mM potassium phosphate-4, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.15 mMmIL-3-1[U-100% 15N]1
20 mMpotassium phosphate-21
0.3 mMmIL-3-3[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMpotassium phosphate-42
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker DRXBrukerDRX6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
TopSpin1.3Bruker Biospin解析
XEASY1.3Bartels et al.chemical shift assignment
XEASY1.3Bartels et al.データ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2.17.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.17.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: on the basis of stereochemistry and energy considerations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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