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万見
- PDB-2l2z: Thiostrepton, reduced at N-CA bond of residue 14 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l2z
タイトルThiostrepton, reduced at N-CA bond of residue 14
要素Thiostrepton
キーワードANTIBIOTIC / Natural antibiotic / Thiopeptide / Antimicrobial / ANTIBACTERIAL / thiazole / thiazoline
機能・相同性Thiazolylpeptide-type bacteriocin precursor / defense response to bacterium / extracellular region / THIOPEPTIDE THIOSTREPTON REDUCED AT N-CA BOND OF RESIDUE 14 / Thiostrepton
機能・相同性情報
生物種Streptomyces azureus (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Jonker, H.R.A. / Baumann, S. / Wolf, A. / Schoof, S. / Hiller, F. / Schulte, K.W. / Kirschner, K.N. / Schwalbe, H. / Arndt, H.-D.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2011
タイトル: NMR structures of thiostrepton derivatives for characterization of the ribosomal binding site.
著者: Jonker, H.R. / Baumann, S. / Wolf, A. / Schoof, S. / Hiller, F. / Schulte, K.W. / Kirschner, K.N. / Schwalbe, H. / Arndt, H.D.
履歴
登録2010年8月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32013年6月26日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiostrepton


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,8081
ポリマ－1,8081
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Thiostrepton / Alaninamide / Bryamycin / Gargon / Thiactin


タイプ: Thiopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1808.001 Da / 分子数: 1 / 変異: (MH6)14(DSN) / 由来タイプ: 天然
詳細: THIOSTREPTON IS A HETEROCYCLIC THIOPEPTIDE, CONSISTING OF FOUR THIAZOLES, ONE THIOZOLINE, ONE PIPERIDEINE RINGS. A MODIFIED QUINOLINE, RESIDUE 0, IS LINKED TO MAIN-CHAIN RESIDUE 1 AND SIDE- ...詳細: THIOSTREPTON IS A HETEROCYCLIC THIOPEPTIDE, CONSISTING OF FOUR THIAZOLES, ONE THIOZOLINE, ONE PIPERIDEINE RINGS. A MODIFIED QUINOLINE, RESIDUE 0, IS LINKED TO MAIN-CHAIN RESIDUE 1 AND SIDE-CHAIN OF RESIDUE 12. IN THIS ENTRY RESIDUE 14 WAS CHEMICALLY MODIFIED TO HAVE A SINGLE BOND N-CA.
由来: (天然) Streptomyces azureus (バクテリア)
参照: UniProt: P0C8P8, THIOPEPTIDE THIOSTREPTON REDUCED AT N-CA BOND OF RESIDUE 14
構成要素の詳細THIOSTREPTON IS A MEMBER OF A SULPHUR-RICH HETEROCYCLIC PEPTIDES CLASS. ALL SHARE A MACROCYCLIC ...THIOSTREPTON IS A MEMBER OF A SULPHUR-RICH HETEROCYCLIC PEPTIDES CLASS. ALL SHARE A MACROCYCLIC CORE, CONSISTING OF A NITROGEN CONTAINING, SIX-MEMBERED RING CENTRAL TO DEHYDROAMINO ACIDS AND A SUBSET OF FIVE MEMBER RING STRUCTURES INCLUDING THIAZOLES, THIAZOLINES AND OXAZOLES. HERE, THIOSTREPTON IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)
配列の詳細A MODIFIED QUINOLINE LINKED TO THE MAIN-CHAIN OF RESIDUE 1 AND THE SIDE-CHAIN OF RESIDUE 12. THE ...A MODIFIED QUINOLINE LINKED TO THE MAIN-CHAIN OF RESIDUE 1 AND THE SIDE-CHAIN OF RESIDUE 12. THE RESIDUE 14 IS DSN. THE N-CA BOND OF THE RESIDUE MH6 14 OF THE THIOSTREPTON HAS BEEN CHEMICALLY MODIFIED. IT HAS BEEN REDUCED FROM DOUBLE TO SINGLE.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Thiostrepton derivative (reduced at residue pip14:n1-c2, in 5:1 chloroform-d ethanol-d5)
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-13C TOCSY-HSQC
1412D 1H-13C HMBC
1512D 1H-1H NOESY
1612D 1H-1H ROESY
1712D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細内容: 10 mM thiostrepton (DSN 14), chloroform-d/ethanol-d5 5:1
溶媒系: chloroform-d/ethanol-d5 5:1
試料濃度: 10 mM / 構成要素: thiostrepton (DSN 14)
試料状態圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TOPSPIN1.3Bruker Biospincollection
TOPSPIN1.3Bruker Biospin解析
SPARKY3.113Goddardpeak picking
SPARKY3.113Goddardchemical shift assignment
SPARKY3.113Goddardデータ解析
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 220 / NOE intraresidue total count: 62 / NOE long range total count: 61 / NOE sequential total count: 68
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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