PDB-2l2b: Structure of StnII-Y111N, a mutant of the sea anemone actinoporin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2l2b

タイトル

Structure of StnII-Y111N, a mutant of the sea anemone actinoporin Sticholysin II

要素

Sticholysin-2

キーワード

TOXIN / actinoporin sticholysin variant / Pore forming toxin

機能・相同性

機能・相同性情報

nematocyst / pore complex assembly / cytolysis in another organism / other organism cell membrane / pore complex / monoatomic cation transport / channel activity / toxin activity / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Stichodactyla helianthus (イソギンチャク)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Pardo-Cea, M.A. / Bruix, M. / Santoro, J.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2011
タイトル: Intrinsic local disorder and a network of charge-charge interactions are key to actinoporin membrane disruption and cytotoxicity.
著者: Pardo-Cea, M.A. / Castrillo, I. / Alegre-Cebollada, J. / Martinez-Del-Pozo, A. / Gavilanes, J.G. / Bruix, M.

履歴

登録	2010年8月16日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年2月8日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2l2b.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2l2b.ent.gz	871.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2l2b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/2l2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/2l2b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3zwg-12 5gwf-1 1xzo-1 5vay-1 3zwg-6 3zwg-13 3zwg-14 3zwg-2 3zwg-8 3dcz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 163621H, 13C and 15N NMR assignments of StnII-R29Q, a defective lipid binding mutant of the sea anemone actinoporin Sticholysin II BMRB: 159271H, 13C and 15N NMR resonance assignments of the actinoporin Sticholysin I

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sticholysin-2

19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Sticholysin-2 / STCH2 / Sticholysin II / StII / StnII / Cytolysin St II / Cytolysin III / Cytotoxin 分子量: 19253.771 Da / 分子数: 1 / 変異: Y111N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stichodactyla helianthus (イソギンチャク) プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07845

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D HN(CO)CA
1	3	1	3D HNCA
1	4	1	3D CBCA(CO)NH
1	5	1	3D HN(CA)CB
1	6	1	3D HBHA(CO)NH
1	7	1	3D HN(CA)CB
1	8	1	3D HNHA
1	9	1	3D 1H-15N NOESY
1	10	2	2D 1H-13C HSQC
1	11	2	3D (H)CCH-TOCSY
1	12	2	3D 1H-13C NOESY
1	13	1	3D HNCO

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] stnIIY111N, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] stnIIY111N, 100% D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.5 mM	stnIIY111N	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
0.5 mM	stnIIY111N	[U-100% 13C; U-100% 15N]	2

試料状態

pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin		Bruker Biospin	collection
TopSpin		Bruker Biospin	解析
Sparky	3.112	Goddard	データ解析
Sparky	3.112	Goddard	peak picking
Sparky	3.112	Goddard	chemical shift assignment
GARANT	2.5	Bartels, Guntert, Billeter and Wuthrich	chemical shift assignment
Amber			精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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