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万見
- PDB-2l22: Mupirocin didomain ACP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l22
タイトルMupirocin didomain ACP
要素Mupirocin didomain Acyl Carrier Protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / acyl carrier protein / mupirocin
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / RhiE-like, KS-MAT linker domain / ACP-like / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / : / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site ...: / RhiE-like, KS-MAT linker domain / ACP-like / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / : / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Dong, X. / Williams, C. / Crump, M.P. / Wattana-amorn, P.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: A conserved motif flags acyl carrier proteins for beta-branching in polyketide synthesis.
著者: Haines, A.S. / Dong, X. / Song, Z. / Farmer, R. / Williams, C. / Hothersall, J. / Poskon, E. / Wattana-Amorn, P. / Stephens, E.R. / Yamada, E. / Gurney, R. / Takebayashi, Y. / Masschelein, J. ...著者: Haines, A.S. / Dong, X. / Song, Z. / Farmer, R. / Williams, C. / Hothersall, J. / Poskon, E. / Wattana-Amorn, P. / Stephens, E.R. / Yamada, E. / Gurney, R. / Takebayashi, Y. / Masschelein, J. / Cox, R.J. / Lavigne, R. / Willis, C.L. / Simpson, T.J. / Crosby, J. / Winn, P.J. / Thomas, C.M. / Crump, M.P.
履歴
登録2010年8月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Database references
改定 1.22013年10月9日Group: Database references
改定 1.32013年11月6日Group: Database references
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mupirocin didomain Acyl Carrier Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7651
ポリマ－23,7651
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Mupirocin didomain Acyl Carrier Protein


分子量: 23764.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: NCIMB 10586 / 遺伝子: mmpI / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RL76

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCA
1313D HNCO
1413D 1H-15N TOCSY
1513D 1H-13C NOESY
1613D 1H-15N NOESY
1713D HN(CA)CB
1813D CBCA(CO)NH

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試料調製

詳細内容: 20 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 95% H2O/5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
20 mMsodium phosphate1
5 mMDTT1
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VNMRS / 製造業者: Varian / モデル: VNMRS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: ARIA / バージョン: 2.2 / 開発者: Linge, O'Donoghue and Nilges / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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