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- PDB-2l0y: Complex hMia40-hCox17 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l0y
タイトルComplex hMia40-hCox17
要素
  • COX17 cytochrome c oxidase assembly homolog (S. cerevisiae) pseudogene (COX17)
  • Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40
キーワードPROTEIN TRANSPORT/METAL TRANSPORT / Oxidative Protein Folding / Macromolecular complex / Mitochondrial Import / PROTEIN TRANSPORT-METAL TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


'de novo' post-translational protein folding / positive regulation of cytochrome-c oxidase activity / peptidyl-cysteine oxidation / Complex IV assembly / copper chaperone activity / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial intermembrane space / positive regulation of cellular respiration / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / copper ion transport ...'de novo' post-translational protein folding / positive regulation of cytochrome-c oxidase activity / peptidyl-cysteine oxidation / Complex IV assembly / copper chaperone activity / mitochondrial respiratory chain complex assembly / protein import into mitochondrial intermembrane space / positive regulation of cellular respiration / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / copper ion transport / Mitochondrial protein import / regulation of protein export from nucleus / protein maturation by protein folding / mitochondrial DNA repair / cuprous ion binding / protein-disulfide reductase activity / enzyme activator activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / generation of precursor metabolites and energy / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / copper ion binding / positive regulation of cell population proliferation / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2900 / Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40 / Cytochrome c oxidase copper chaperone / Cytochrome C oxidase copper chaperone (COX17) / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / CHCH / CHCH domain / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c oxidase copper chaperone / : / Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Bertini, I. / Ciofi-Baffoni, S. / Gallo, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Molecular chaperone function of Mia40 triggers consecutive induced folding steps of the substrate in mitochondrial protein import.
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Cefaro, C. / Cenacchi, L. / Ciofi-Baffoni, S. / Felli, I.C. / Gallo, A. / Gonnelli, L. / Luchinat, E. / Sideris, D. / Tokatlidis, K.
履歴
登録2010年7月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40
B: COX17 cytochrome c oxidase assembly homolog (S. cerevisiae) pseudogene (COX17)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7662
ポリマ－23,7662
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mitochondrial intermembrane space import and assembly protein 40 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 4


分子量: 16387.693 Da / 分子数: 1 / 変異: C53S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHCHD4, MIA40 / プラスミド: pDEST-His-MBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N4Q1
#2: タンパク質 COX17 cytochrome c oxidase assembly homolog (S. cerevisiae) pseudogene (COX17) / HCG2020266


分子量: 7378.574 Da / 分子数: 1 / 変異: C26S C36S C55S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: hCG_2020266, RP11-189B4.3-001 / プラスミド: pETG-30A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5W0Q5, UniProt: Q14061*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1312D 1H-1H NOESY
1422D 1H-1H NOESY
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D HN(CA)CB
1813D CBCA(CO)NH
1913D HN(CO)CA
11023D HNCO
11123D HNCA
11223D HN(CA)CB
11323D CBCA(CO)NH
11423D HN(CO)CA
11513D 1H-15N NOESY
11613D 1H-13C NOESY
11723D 1H-15N NOESY
11823D 1H-13C NOESY
11913D ω1- 13C-edited, ω2-13C-filtered NOESY
12023D ω1- 13C-edited, ω2-13C-filtered NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Mia40, 0.5 mM Cox17, 50 mM Phosphate, 0.5 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Cox17, 0.5 mM Mia40, 50 mM Phosphate, 0.5 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMMia40-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.5 mMCox17-21
50 mMPhosphate-31
0.5 mMEDTA-41
0.5 mMCox17-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.5 mMMia40-62
50 mMPhosphate-72
0.5 mMEDTA-82
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
CARA2Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA2Keller and Wuthrichデータ解析
Amber10Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: AMBER 10.0, AMBER 10.0
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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