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- PDB-2kz8: Solution NMR structure of MqsA, a protein from E. coli, containin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kz8
タイトルSolution NMR structure of MqsA, a protein from E. coli, containing a Zinc finger, N-terminal and a Helix Turn-Helix C-terminal domain
要素Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator ygiT
キーワードTRANSCRIPTION / Zinc finger / Helix turn helix / YgiT / MqsA
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin-antitoxin complex / single-species biofilm formation / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Antitoxin MqsA / Zinc finger, MqsA-type / Antitoxin MqsA/HigA-2 / : / Antitoxin component of bacterial toxin-antitoxin system, MqsA / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Papadopoulos, E. / Vlamis-Gardikas, A. / Graslund, A. / Billeter, M. / Holmgren, A. / Collet, J.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2012
タイトル: Solution structure and biophysical properties of MqsA, a Zn-containing antitoxin from Escherichia coli
著者: Papadopoulos, E. / Collet, J.F. / Vukojevic, V. / Billeter, M. / Holmgren, A. / Graslund, A. / Vlamis-Gardikas, A.
履歴
登録2010年6月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月4日Group: Structure summary
改定 1.32012年7月25日Group: Database references
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
Remark 650HELIX Determination method: Author determined
Remark 700SHEET Determination method: Author determined

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator ygiT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7281
ポリマ－14,7281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator ygiT


分子量: 14728.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ygiT, b3021, JW2989 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46864

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCA
1313D HN(CA)CB
1413D HNCO
1513D CBCA(CO)NH
1613D HBHA(CO)NH
1713D C(CO)NH
1813D H(CCO)NH

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試料調製

詳細内容: 1mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ygit, 95% H2O/5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: Ygit / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 25 / pH: 5 / 圧: 0.7 atm / 温度: 37 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANA3.1精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 3 7 CYCLES OF CYANA - CANDID. A) KEEPING MANUAL ASSIGNEMENTS B) ALLOWING MANUAL ASSIGNEMENTS TO VARIATE C) ADDING EXTRA CSVALUES FROM STATISTICAL TABLES. IF THE N-TERMINUS DOMAIN IS ALIGNED ...詳細: 3 7 CYCLES OF CYANA - CANDID. A) KEEPING MANUAL ASSIGNEMENTS B) ALLOWING MANUAL ASSIGNEMENTS TO VARIATE C) ADDING EXTRA CSVALUES FROM STATISTICAL TABLES. IF THE N-TERMINUS DOMAIN IS ALIGNED IT LOOKS STRUCTURED AND THE C-TERMINUS ROTATES. THE TWO ALIGNMENTS GIVE A SOMEHOW DIFFERENT IMPRESSION ABOUT THE PROTEIN AND VERIFY THAT EACH DOMAIN IS INDIVIDUALLY STRUCTURED. THERE ARE TWO B-SHEETS ONE WITH 4 STRANDS AND ONE WITH TWO LONG STRANDS. THE 4 STRANDS MIGHT BELONG TO THE SAME SHEET OR THEY MAY BE TWO TIMES TWO STRANDS OR A SMALL B-BARREL. THEY BIND AND THEY ARE STABILIZED BY ZN.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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