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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ky7 | ||||||||||||||||||||
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タイトル | NMR Structural Studies on the Covalent DNA Binding of a Pyrrolobenzodiazepine-Naphthalimide Conjugate | ||||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / DNA duplex / Pyrrolobenzodiazepine / PBD-naphthalimide hybrid / DNA-drug complex | 機能・相同性 | Chem-HY2 / DNA | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | Model details | closest to the average and energy minimized, model 1 | データ登録者 | Rettig, M. / Langel, W. / Kamal, A. / Weisz, K. | 引用 | ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2010 | タイトル: NMR structural studies on the covalent DNA binding of a pyrrolobenzodiazepine-naphthalimide conjugate 著者: Rettig, M. / Langel, W. / Kamal, A. / Weisz, K. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ky7.cif.gz | 88.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ky7.ent.gz | 64 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ky7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ky7_validation.pdf.gz | 399.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ky7_full_validation.pdf.gz | 498.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ky7_validation.xml.gz | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ky7_validation.cif.gz | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/2ky7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/2ky7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3043.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-HY2 / | 非ポリマーの詳細 | THE LIGAND HY2 IS REFERRED AS PBD-NAPHTHALIMIDE HYBRID IN THE ARTICLE. THE HY2 IS NEUTRAL BUT ...THE LIGAND HY2 IS REFERRED AS PBD-NAPHTHALIM | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.28 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average and energy minimized | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: representative conformers of production runs 計算したコンフォーマーの数: 20000 / 登録したコンフォーマーの数: 5 / 代表コンフォーマー: 1 |