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- PDB-2kxi: Solution NMR structure of the apoform of NarE (NMB1343) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kxi
タイトルSolution NMR structure of the apoform of NarE (NMB1343)
要素Uncharacterized protein
キーワードTRANSFERASE / ADP ribosyltransferase
機能・相同性: / NarE / metal ion binding / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Koehler, C. / Carlier, L. / Veggi, D. / Soriani, M. / Pizza, M. / Boelens, R. / Bonvin, A.M.J.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of the apoform of NarE (NMB1343)
著者: Koehler, C. / Carlier, L. / Veggi, D. / Soriani, M. / Pizza, M. / Boelens, R. / Bonvin, A.M.J.J.
履歴
登録2010年5月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2011年3月2日ID: 2KWR
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年8月8日Group: Data collection / Experimental preparation ...Data collection / Experimental preparation / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_spectrometer / struct
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.label / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pH_units / _pdbx_nmr_refine.software_ordinal / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.type / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.type / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4291
ポリマ－17,4291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / NMB1343


分子量: 17429.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
株: MC58 / 遺伝子: NMB1343 / Variant: serogroup B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9JZ10
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1323D CBCA(CO)NH
1423D HN(CA)CB
1523D HNCO
1623D HN(CA)CO
1723D HNCA
1823D HBHA(CO)NH
1913D 1H-15N NOESY
11033D 1H-13C NOESY
11133D (H)CCH-TOCSY
11232D 1H-1H TOCSY
11322D 1H-1H NOESY
11412D 1H-15N HSQC T1 edited
11512D 1H-15N HSQC T2 edited
11612D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.3 mM [U-100% 15N] NMB1343, 75 mM sodium chloride, 25 mM sodium phosphate, 0.01 % sodium azide, 0.5 mM TSP, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2Osample_190% H2O/10% D2O
solution20.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NMB1343, 75 mM sodium chloride, 25 mM sodium phosphate, 0.01 % sodium azide, 0.5 mM TSP, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2Osample_290% H2O/10% D2O
solution30.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NMB1343, 75 mM sodium chloride, 25 mM sodium phosphate, 0.01 % sodium azide, 0.5 mM TSP, 1 mM DTT, 100% D2Osample_3100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMNMB1343-1[U-100% 15N]1
75 mMsodium chloride-21
25 mMsodium phosphate-31
0.01 %sodium azide-41
0.5 mMTSP-51
1 mMDTT-61
0.6 mMNMB1343-7[U-100% 13C; U-100% 15N]2
75 mMsodium chloride-82
25 mMsodium phosphate-92
0.01 %sodium azide-102
0.5 mMTSP-112
1 mMDTT-122
0.8 mMNMB1343-13[U-100% 13C; U-100% 15N]3
75 mMsodium chloride-143
25 mMsodium phosphate-153
0.01 %sodium azide-163
0.5 mMTSP-173
1 mMDTT-183
試料状態Label: sample_conditions / pH: 7.3 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Oxford AvanceOxfordAVANCE7502
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax構造決定
CNS精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7 / 詳細: CNS refinement in water
NMR constraintsNOE constraints total: 661 / NOE intraresidue total count: 0 / NOE long range total count: 257 / NOE medium range total count: 139 / NOE sequential total count: 265 / Hydrogen bond constraints total count: 85 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 99 / Protein psi angle constraints total count: 99
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 4.8 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.36 Å / 代表コンフォーマー: 1
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.03 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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