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- PDB-2kxc: 1H, 13C, and 15N Chemical Shift Assignments for IRTKS-SH3 and Esp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kxc
タイトル1H, 13C, and 15N Chemical Shift Assignments for IRTKS-SH3 and EspFu-R47 complex
要素
  • Brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2-like protein 1
  • EspF-like protein
キーワードPROTEIN BINDING / IRTKS-SH3 / EspFu / Complex Structure
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane organization / actin crosslink formation / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / RHOF GTPase cycle / proline-rich region binding / positive regulation of actin filament polymerization / actin filament bundle assembly / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle ...plasma membrane organization / actin crosslink formation / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / RHOF GTPase cycle / proline-rich region binding / positive regulation of actin filament polymerization / actin filament bundle assembly / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / regulation of actin cytoskeleton organization / adherens junction / actin binding / host cell cytoplasm / cytoskeleton / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Type III secretion protein EspF / I-BAR domain containing protein IRTKS / IRTKS, SH3 domain / TccP2/EspF(U)-like superfamily / EspF protein repeat / I-BAR domain containing protein IRSp53/IRTKS/Pinkbar / IMD/I-BAR domain / IRSp53/MIM homology domain / IMD domain profile. / AH/BAR domain superfamily ...Type III secretion protein EspF / I-BAR domain containing protein IRTKS / IRTKS, SH3 domain / TccP2/EspF(U)-like superfamily / EspF protein repeat / I-BAR domain containing protein IRSp53/IRTKS/Pinkbar / IMD/I-BAR domain / IRSp53/MIM homology domain / IMD domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Secreted effector protein EspF(U) / Secreted effector protein EspF(U) / BAR/IMD domain-containing adapter protein 2-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics, TORSION ANGLE DYNAMICS
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Aitio, O. / Hellman, M. / Kazlauskas, A. / Vingadassalom, D.F. / Leong, J.M. / Saksela, K. / Permi, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Recognition of tandem PxxP motifs as a unique Src homology 3-binding mode triggers pathogen-driven actin assembly
著者: Aitio, O. / Hellman, M. / Kazlauskas, A. / Vingadassalom, D.F. / Leong, J.M. / Saksela, K. / Permi, P.
履歴
登録2010年4月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月21日Group: Database references
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2-like protein 1
B: EspF-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8622
ポリマ－12,8622
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2-like protein 1 / BAI1-associated protein 2-like protein 1 / Insulin receptor tyrosine kinase substrate


分子量: 7559.607 Da / 分子数: 1 / 断片: IRTKS-SH3 domain, UNP residues 339-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAIAP2L1, IRTKS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UHR4
#2: タンパク質・ペプチド EspF-like protein / Tir-cytoskeleton coupling protein


分子量: 5301.970 Da / 分子数: 1 / 断片: EspFu-R47 domain, UNP residues 268-314 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8X2D5, UniProt: P0DJ89*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY
1313D (H)CCH-COSY
1423D 1H-15N NOESY
1523D 1H-13C NOESY
1623D (H)CCH-COSY
1712D 1H-15N HSQC
1822D 1H-15N HSQC
1912D 1H-13C HSQC
11022D 1H-13C HSQC
11113D HN(CA)CB
11223D HN(CA)CB
11313D CBCA(CO)NH
11423D CBCA(CO)NH
11513D HBHA(CO)NH
11623D HBHA(CO)NH
11713D C(CO)NH
11823D C(CO)NH
11913D H(CCO)NH
12023D H(CCO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.48 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] IRTKS-SH3-1, 0.48 mM EspFu-R47-2, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
20.9 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] EspFu-R47-3, 0.9 mM IRTKS-SH3-4, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.48 mMIRTKS-SH3-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
0.48 mMEspFu-R47-21
0.9 mMEspFu-R47-3[U-98% 13C; U-98% 15N]2
0.9 mMIRTKS-SH3-42
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7.0 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.11Goddardchemical shift assignment
CYANA_2.12.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm精密化
精密化手法: molecular dynamics, TORSION ANGLE DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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