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万見
- PDB-2kxa: The hemagglutinin fusion peptide (H1 subtype) at pH 7.4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kxa
タイトルThe hemagglutinin fusion peptide (H1 subtype) at pH 7.4
要素Haemagglutinin HA2 CHAIN PEPTIDE
キーワードVIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / fusion peptide / influenza
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Lorieau, J.L. / Louis, J.M. / Bax, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: The complete influenza hemagglutinin fusion domain adopts a tight helical hairpin arrangement at the lipid:water interface.
著者: Lorieau, J.L. / Louis, J.M. / Bax, A.
履歴
登録2010年4月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_sample_details.contents ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haemagglutinin HA2 CHAIN PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1521
ポリマ－3,1521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 60structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Haemagglutinin HA2 CHAIN PEPTIDE


分子量: 3151.596 Da / 分子数: 1
断片: RESIDUES 1 TO 23 OF HA2 SUBUNIT (UNP Residues 345-367)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/swine/Scotland/410440/94(H1N2) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9YTC2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1322D 1H-1H NOESY
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CO)CA
1713D 1H-15N NOESY
2812D 1H-15N HSQC
2912D 1H-13C HSQC
21013D HN(CO)CA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
17 % D2O-1, 25 mM [U-99% 2H] TRIS-2, 130-180 mM [U-99% 2H] DPC-3, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
225 mM [U-99% 2H] TRIS-4, 130-180 mM [U-99% 2H] DPC-5, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
7 %D2O-11
25 mMTRIS-2[U-99% 2H]1
mMDPC-3[U-99% 2H]130-1801
25 mMTRIS-4[U-99% 2H]2
mMDPC-5[U-99% 2H]130-1802
試料状態イオン強度: 20mM Tris / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7502
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003
Bruker AvanceBrukerAVANCE5004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
Sparky3.113Goddardデータ解析
Sparky3.113Goddardpeak picking
NMRPipe5Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRPipe5Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
NMRPipe5Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDraw5Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRDraw5Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
ModelFree4.2Palmerデータ解析
PSVS1.4Bhattacharya and Montelioneデータ解析
TALOS1.2009.0721.18Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
X-PLOR NIH2.24Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIH2.24Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 449 / NOE intraresidue total count: 109 / NOE long range total count: 66 / NOE medium range total count: 144 / NOE sequential total count: 130 / Protein chi angle constraints total count: 4 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 18 / Protein psi angle constraints total count: 18
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum lower distance constraint violation: 1 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 0 ° / Maximum upper distance constraint violation: 1 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.031 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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