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万見
- PDB-2kvn: Phi29 E-loop hairpin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kvn
タイトルPhi29 E-loop hairpin
要素RNA (5'-R(*GP*GP*UP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*GP*UP*UP*CP*AP*CP*CP*A)-3')
キーワードRNA / phi29 / hairpin
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Harris, S.M. / Schroeder, S.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Nuclear magnetic resonance structure of the prohead RNA E-loop hairpin.
著者: Harris, S. / Schroeder, S.J.
履歴
登録2010年3月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年6月20日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*GP*UP*UP*CP*AP*CP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,4441
ポリマ－5,4441
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 132structures with no restraint violations
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*UP*GP*AP*UP*UP*GP*AP*GP*UP*UP*CP*AP*CP*CP*A)-3')


分子量: 5444.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-13C HSQC
2222D DQF-COSY
2322D 1H-1H NOESY
1412D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM RNA, 10 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 0.5 mM sodium-EDTA, 100% D2O100% D2O
21 mM RNA, 10 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 0.5 mM sodium-EDTA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
1 mMRNA1
10 mMsodium chloride1
10 mMsodium phosphate1
0.5 mMsodium-EDTA1
1 mMRNA2
10 mMsodium chloride2
10 mMsodium phosphate2
0.5 mMsodium-EDTA2
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
15.5ambient 293 K
25.5ambient 274 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardchemical shift calculation
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddard解析
VNMRVariancollection
VNMRVarianデータ解析
VNMRVarian解析
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmデータ解析
PyMOLDelanoデータ解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルAverage constraint violations per residue: 0 / Average constraints per residue: 15 / Average distance constraint violation: 0 Å / Average torsion angle constraint violation: 0 °
コンフォーマー選択の基準: structures with no restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 132 / 登録したコンフォーマーの数: 30
Distance constraint violation method: cross validation, accept.inp script in CNS, only conformers with no violations were accepted
Maximum distance constraint violation: 0 Å / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 0 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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